飛鳥時代(6・7世紀)や飛鳥地方の歴史を展示・解説した、小規模ながら総合的な博物館である。展示品には、高松塚古墳出土の鏡・玉・飾り金具など、飛鳥寺・川原寺・大官大寺・山田寺出土の瓦・セン仏など、石神遺跡出土の噴水施設である須弥山石と石神像、水落遺跡でみつかった水時計遺構の模型、藤原京全景の復原模型などがある。
屋外には、須弥山石や石像の噴水装置、導水施設である酒船石、猿石などの模造品が並んでいる。また、1994年に増設した展示室には、山田寺回廊跡から出土した建築部材を化学処理し、これを生かして再構築した3間分の回廊を復原・展示している。毎年、春期・秋期には飛鳥にちなんだ特別展示もおこなっている。
