車の中、謎の人物がジョーの写真に煙草の火を押しつけた。
そして、街を歩くジョーにギャラゴンの攻撃が始まる。
ギャラゴンのなりふり構わない攻撃で、街はめちゃめちゃだ。
ジョーはギャラゴンを軽くいなしていくが、ギャラゴンバイク(？)と正面衝突してしまい、
ふらふらになる。そこにギャラゴンレーザー(？)の嵐。
だがそれでもジョーは屈せず、前に進む。あまりのことに逃げて行くギャラゴン隊員。
そしてついにジョーはギャラゴンを全て倒した。だがダメージは大きい。
ブレスレットは壊れて道路に転がっている。
ジョーは水上用飛行機をチャーターして飛び立つ。
飛行場の管理者の所にさっきの煙草の白スーツのおっさんが現れる。
発信機をつけるだけで金が貰えるなんてと感謝する管理者。
だが白スーツ野郎はごくろうと言って管理者を射殺した。
サイボーグであるジョーは、定期的にエネルギーを注入する必要があり、
いつもはドクターラッフェルの基地でそれを受けていたのだが、基地に行くとラッフェルの姿は無く、
ギャラクター隊員が襲いかかってきた。なんとかやっつけて逃亡するジョー。
一方、ラッフェルはついに総裁Xのありかを突きとめていた。が、地震が起こったので外に出て見ると、
ジョーのエネルギー補給所が爆破される。驚愕するラッフェル。
そのラッフェルを狙うギャラクター隊員。だが、ラッフェルのペットの鷹？ により事無きを得る。
ラッフェルは健達に救援を求めるる。 ラッフェルはジョーが死ねば全て終わりだと言い、渡したいものがあるという。だが、 ラッフェルをギャラクター軍団が取り囲んでいた。
健はラッフェルを探してエリサ島？ に降下するが、ラッフェルの姿は無かった。 そして、そんな健をギャラクター軍団が狙う。健の入った廃屋にマシンガンが降り注ぐ。 廃屋が崩れた後、隊員が死体を捜しにやって来た。 すると地中から健が登場、暴れまわって隊員を倒す。Gタウン。イベット地方に大量の機械が運ばれている情報が入る。 一方、パンドラは墓参りに出かけていた。 彼女は数年前にエリザベスムーア号の沈没で夫と子どもであるサミーを失っていたのだ。 エネルギー不足で寝ていた筈のジョーは起きあがり、 遠くからみんなで祈ってやろうじゃないかと言う。 博士の強い意思に負けてはられないと健。
ゲルサドラは変装をしてエリザベスムーア号の事故のことを調べ、 シルビア・パンドラ、ドメニコ・パンドラが両親だったことを知る。 もっと早く気付くべきだったとゲルサドラ。ゲルサドラが総裁Xにそのことを話すと、パンドラに子であることを打ち明けて仲間になるよう言えば、協力するだろうと言う。納得するゲルサドラ。ゲルサドラが去った後、 総裁はまだ地球を手に入れられるつもりでいるとほくそえむ。
墓参りをしていたパンドラは、子どもを預かっているという老人についていく。イベット山脈にて怪しい遺跡を発見する忍者隊。 だがそこに降りたヘリからは、パンドラ博士が出てきた。驚く健達。
ゲルサドラはパンドラに子どもであることを告白するが、パンドラは信じようとしない。 総裁Xは証拠を見せようと、ゲルサドラが育つ場面を見せる。 驚愕するパンドラ。しかしパンドラは、サミーは死んだのですと否定する。 地球を手にしようというゲルサドラに、パンドラはソーラーシフターが地球を滅ぼすことを説明しようとする。しかし、総裁Xはパンドラを閉じ込めてしまう。 その時丁度健達の攻撃が始まり、ゲルサドラはそちらへ向かう。総裁Xはパンドラは用済みと、ロケットに乗せて打ち出す(面倒なやり方…)。 それに気付いたゲルサドラは止めようとするが止まらず、 ロケットは打ち出され、上空で爆発。ゲルサドラは泣き叫び、 総裁に憎しみを抱くのであった。
忍者隊もまた、パンドラを失い、悲しみの中にあった。
健は今は泣け、だがバードスタイルになったら悲しみは忘れるんだ、
それがパンドラ博士への手向けだという。
一方、南部博士はエネルギー切れかけのジョーに、応急処置を施していたが、
その過程で、ジョーの心臓部分にブラックボックスがあることに気付く。
そこに健がやってきた。南部は調査の結果、アーストラリア海溝付近が最も被害が少ないことをつきとめ、そこにギャラクター本部があると睨んでいた。ニューゴッドフェニックスはそこへ向かうこととなる。
ジョーもついていこうとするが、健に殴られ、迷惑すると言い放つ。
一方ゲルサドラは、パンドラの最後の言葉が気になり、ソーラーシフト計画を調べていた。 そして、この計画が太陽を動かし、太陽系を滅亡させる計画であることに気付く。 そんな計画に手を貸し、母を失ってしまったゲルサドラは、愚か愚かと狂笑するのであった。
小型飛行機で飛ぶジョーであったが、エネルギー不足で気を失い、 墜落してしまうのだった。基地近くにニューゴッドフェニックスがやってきた。 隊員がゲルサドラを呼びに来るが、ゲルサドラは呆けていた。 鉄獣ファイヤーバットとかいう鉄獣が発進する (この「つまらない敵メカ」が初代より面白くない原因の一つだと思うなあ…)。 ファイヤーバットの強力なレーザーに苦戦するニューゴッドフェニックス。 一方、基地ではまもなくソーラーシフターのメインビーム砲を発射しようとしていた。 健はファイヤーバットの頭部(？)にあるレーザー発射装置に気付き、 大きい奴には小さい奴の方が戦いやすいってことがあるんだぜと、 イーグルシャープで発進する。総裁Xはマジックハンド(？)を出してボタンを押すが、 反応が無い。ゲルサドラが現れ、装置を破壊したという。 怒る総裁X。笑いながら逃げるゲルサドラは基地を破壊する。 一方、健もファイヤーバットを撃墜していた。 ゲルサドラは隊員に撃たれ怪我しながらも、いつもの円盤で逃げ去る。 健は煙を吐いて逃げる円盤に気付き、それを追うのだった。
隕石山は海抜3000mの白銀の頂だ。そこにXの本拠地があった。 潜入する二人。だが、ギャラゴンとの戦いで、ゲルサドラは重傷を負ってしまう。 ゲルサドラは総裁Xはあの扉の向こうだ、私に構わずゆくのだとジョーに言う。 ジョーは扉の中に入り総裁Xと対峙する。だが光がジョーを襲い、ジョーは気絶する。 一方健は目覚め、ニューゴッドフェニックスを呼ぶ。
健達は本部に潜入し、健はあの部屋へと行く。 そこではジョーが倒れていた。総裁Xはその機械の塊である本体を露にする。 そして宇宙の支配者であるワシにはかなわんと言うが、 健は人間には愛と勇気と知恵があると言い返す。 瀕死のゲルサドラはボタンを押して部屋の地面を開いた。 そこにはX本体の中枢装置があるのだ。あれさえ破壊すればXを倒せる。 だがゲルサドラはXのレーザーに撃たれて下へと落ちていく。 健は意を決し下に降りるが、ソニックガンは総裁パワー(？)によって奪われてしまう。 健はブーツに隠していた爆弾でレーザー発射口を破壊するが、まだ他に何門もある。 健は飛び、バードソーサーを構えるが、レーザーに貫かれて落ちてしまう。 飛んでいくバードソーサー。ジョーは意を決し走りだし、 X本体内部へと突入する。苦しむジョー、X。 「私は総裁X、宇宙の偉大なスペースブレイン。敵対しているプロキシマ系013・001太陽を移動させ、 恒星爆弾に必要な条件は0.0024…プロキシマ系………001……太陽を衝突させ……」 そしてXは爆発。飛ばされるジョー。ジュン達の声で目覚める健。ジョーは…というと、 ジョーは少し離れた所に立っていた。 そして、Xの機械には健のバードソーサーが突き刺さっていた。 ジョーの反物質爆弾が爆発する前に、バードソーサーによってXはすでに死にかけていたのだ。 また死にそこなっちまったぜとジョー。
一方ゲルサドラは、よろよろと歩いていた。 そして辿りついた所は、緑あふれる場所だった。 地球がこんなに美しかったとはとゲルサドラ。 そして自分の罪は償いきれるものではない、生まれ変わったら地球のために働きたい、 しかしそれまで地球はこのままでいいのだろうか… その時、パンドラの声が響く。忍者隊がいる限り地球は変わらないわと。 ママ…と叫びゲルサドラは倒れる。 その体は縮んで、急成長する前へと戻っていった。 そして、幽体(？)がパンドラと手を繋ぎ去っていく。ゲルサドラの服が風に飛ばされて行った。 健は地球を救うことは出来たがゲルサドラを救うことは出来なかった、 許してくれと言う。そしてGタウンへと帰還する忍者隊。だが、廃墟ではX機械の破片が怪しい光を放っていた… って、Fへの前振り？ これで終わりかい…