ギャラクターの復活に、Gタウン(海中にあるガッチャマン達の為の基地)に再び集結した科学忍者隊。声優も同じだ…って、 甚平声変わりしてやんの(初期ガッチャマンと聞き比べよう！(意味無し))。 だがジョーはもういない。彼の後釜として、 強い推薦を受けて新G2号に就任したホーク・ゲッツ(声は伊武雅刀！)がやってきた。 だがゲッツはイヤミばかり言い、甚平達は気に入らない。
ゲッツが発見したという、ギャラクター基地の隠されている古代遺跡に向かうガッチャマン達。 ニューゴッドフェニックスのお披露目だ。うわ〜、かっこ…悪いや(爆)。 まぁそれは時代や趣味の違いということで置いといて、 ニューゴッドフェニックスにはパイマー(声は井上遥)という人口知能が搭載され、 ガッチャマンの出撃時にはニューゴッドフェニックスを操縦する。 これで待ちぼうけをくらわなくて済むと喜ぶ竜。竜にも専用メカが与えられたのだ。そうこうしている内に、遺跡に到着する。早速遺跡に忍び込むが、閉じ込められてしまう。 そこにゲルサドラが現れた。罠だったのだ。ゲッツもギャラクターの隊員なのだ。 ここでギャラクターザコ隊員どもとの戦い。G1号のバードソーサー (円盤状のものを投げる。バードランとどう性能に違いがあるのかは、さっぱり分からない(爆))、 G3号のオーロラリボン(新体操のリボンをくるくる回す。何がオーロラなのかは不明)、 G4号のリバウンドボール(石投げ器のようなものでボールを飛ばす)、 G5号の粘着ゴム(何故か唯一名前が叫ばれない)、と各キャラの新武器のお披露目だ。
そして、ガッチャマン達の情報を入手したゲッツを追うが、 何だかよく分からん武神像メカの攻撃を受ける。ソニックガン(全員の共通武器。まぁレーザー銃みたいなもんかな) で一斉攻撃するが、効かない。危うしガッチャマン！ にしてもソニックガンの初お披露目で効かないとは情けない…ギャラクター基地攻撃を開始する健達。各メカに乗り込み、いつもの通り暴れまわる。 そして基地はいつもの通り誘爆しまくって崩壊していくのだが、 健の新G1号、イーグルシャープもダメージを受け、墜落してしまう。 健はうすれゆく意識の中、しっかりしろというジョーの声を聞く。だが健は意識を失い、倒れる。 誰かの手が健をイーグルシャープから引っ張り出す。そして爆発するイーグルシャープ。 2話目でぶっ壊れる主人公機というのも、珍しい。
健が気付くと、ジュン達がそばにいた。彼を助けたのはジョーではなく、 ドクターラッフェルという科学者だという。ドクターラッフェルは昔はギャラクターの科学者だったが、 ある事情でギャラクターを裏切り、今はギャラクターを倒すため活動しているという。 そんなラッフェルは羽手裏剣を使い、壁に映るシルエットはジョーに似ていた。 あれはジョーではなくラッフェルだったのか？ 落胆する甚平達だった。一方、ギャラクター配下の謎の集団、ブラックナイツが鉄道や原子力発電所など各地に出没、 襲撃を開始した。健は一行と一旦別れ、ブラックナイツと戦う。だが、ギャラクター隊員の守っていた機械を壊すと、 ブラックナイツ達はみな倒れてしまった。ブラックナイツの一人の素顔を見た健は、 彼らは指名手配中の凶悪犯を洗脳して兵隊として動かしていたのだと知る。…って何で素顔見ただけで分かるんだ、健。 やはりガッチャマンともなると、凶悪犯の顔は一通り頭に叩き込んでいるのか。
G4号でギャラクター基地を探す甚平。海中に怪しい所を見つけ、調査に向かうが、視界が悪く、周囲の情景がよく分からない。 すると、どこからともなく通信が入り、どう動いたらいいかを指示した。 明かにジョーの声なんだけど、気付かない甚平は健の指示だと思い、指示通りに動き、結果基地を発見する。 だがその話を聞いた健は、そんな指示を出した覚えはないと言うのだった。ギャラクター基地に侵入し、いつもの通り暴れまわる健達。 だが、ゲルサドラは健達をギャラクター隊員もろともバリアで周囲を塞いで閉じ込める そして「さらば、アホウドリの諸君」と言って逃げ出す。あと数分で基地は爆発してしまう。 進退極まった健は、忍法竜巻ファイターでバリアをブチ破るという。 するとジュンは、竜巻ファイターは五人揃って使わないと、バランスが崩れて危険だと言う。 …って、え？ あんたら前作で二人やら四人やらで使ってたやんけ。 視聴者のそんな疑問には答えることなく、助かる方法はそれしかないと意を決し、 四人は竜巻ファイターを使う。吹き飛ばされるギャラクター隊員がいとあわれ。 竜巻ファイターにより四人は爆発する基地から脱出するが、気を失い海に漂う。
健が目覚めると、そこはGタウンだった。何者かが健達を安全な場所まで運んだらしい。 しっかし、健は頭に包帯巻いてるのに他三人はピンピンしてやんの。健が一番重傷やったのか…南部博士は、街と街の間のプレートが引き込まれている部分が激しくプレートを引き込む為に、 上の街がグシャグシャになってしまうということを、変な模型を使って説明する。 ギャラクターの暗躍を恐れた南部博士は、健達を現地に急行させる。
廃墟を調べる健達。だが、ギャラクター隊員に隙を突かれ、周り囲まれてしまう。 だがそこへ、小型ヘリのようなものに乗った謎の人物が現れ、ギャラクター隊員に銃を浴びせる。 隊員も負けじと撃ち返すが、謎の人物はビクともしない。と、謎の人物の仮面が割れ、 ジュンは素顔を目撃する。それはジョーだった。ジュンはそれを訴えるが、 健はジョーは死んだんだととりあわない。ジョーー！ と叫ぶジュンであった。砂漠の中から、G2号コンドルアタッカー(ちょっと…いやかなりカッコ悪いような…(爆))が現れ、
中から南部博士が出てきた(何かネクタイ直す？仕草などやたらダンディ)。
南部博士によれば、これ以上大地震が起こるのを阻止する為には、コンドルアタッカーで地中深く潜り、
特製ミサイルを撃ち込んでこなければならないが、コンドルアタッカーはレーサー用に作られている為
(何でジョーがいないのにそんなの作るんだ…)、これから腕利きのレーサーを探さなければならないと言う。
健は志願するが、南部博士は無理だとつっぱねる。だが健は今からじゃ間に合わない、
普通のレーサーはギャラクターの戦いに慣れていないと主張する。
と、そこへ、謎の人影が現れた。ジョーなのか！？ ジョー〜〜！！ と駆け寄るジュン達。
謎の人物はサングラスを取る。やはりジョーだ。何か髪の毛がほとんど金髪でジョーらしくないけどジョーだ。
ジュンはジョーにすがりつき、泣く。健はいきなりジョーをぶん殴る。あいかわらずすげえパンチだと言うジョー。
健はどうして姿を隠していたと詰め寄るが、南部博士は何か事情があるなら話さなくてもいいが、
生きているならどうして一言知らせてくれなかったのかと言う。
ジョーは、気がつくとドクターラッフェルにより蘇生されたことを話し、
今はギャラクターに対する復讐鬼だ、健達と共に戦えないと答えた
(前作からして復讐に燃えてたと思うんですけど…)。
だが南部博士は、今でも変わらず仲間だと言うのだった。
地上でジョーの帰りを待つ健達。するとボロボロのコンドルアタッカーが飛び出す。 中の無傷のジョーを見て、感心(?)する健達であった。