科学忍者隊に指令が下った。フルギニアの村が、すでに絶滅したはずのネアンデルタール人のような集団に襲撃されたというのだ。 トウドウ親子を心配しながらフルギニアに飛んだ健達は、めちゃめちゃに襲われたキャラバンを発見する。 泣き声がしたので探して見ると、なんとシロウ君がいた。
アメホン国(なんじゃそりゃ)に、大量の原人が上陸してきた。 国際科学技術庁で会議が開かれ、原人を排除しようという声が高まるが、 南部博士は、彼らはまだ何もしていない、彼らにも命はあると反対する。 そこへ健から通信が入った。健達の調査によれば、原人達はフルギニア移民団であり、 特殊な水を飲んで原人化したようだと言う。 そんな水が水道に流されたら大変なことになると驚愕する南部博士達。ゲルサドラは円盤メカに乗りこみ、アメホン国の水道に原人化する薬品を混ぜる為に、 三機の小型機を発進させる。それを止める為、健、ジョー、ジュンが各メカで出撃する。 健のイーグルシャープの翼で小型機の翼を切断。小型機は墜落炎上。 ジョーはコンドルアタッカーから小型機に飛び移り、乗員を蹴飛ばす。 小型機は墜落して爆発、炎の中からジョーが出てきてコンドルのジョーは不死身さとつぶやくのだった。 伏線張り(?)ごくろうさん。次はジュン…の筈が何故かそのシーンはすっとばされて次へ。
ゲルサドラは円盤の謎の機械を作動させる。すると原人達は突如凶暴になり、 手当たり次第に破壊しはじめた。ニューゴッドフェニックスは円盤メカにミサイルを撃ち込むが、 メカの回転で威力が半減する為効かない。逆に、円盤メカの電磁破壊光線を食らい、 ニューゴッドフェニックスは墜落してしまう。親を求めるシロウ君は、 ニューゴッドフェニックスから出て、危険な街を歩いていく。 さまよい歩くシロウ君に、原人が迫る。逃げるシロウ君。だが足をドブの枠に取られてしまう。 しかしすんでの所で、ジュン達が駆けつけシロウ君を助ける。 原人と戦う健達。だがそうしている間にもシロウ君はふらふら歩いていってしまう。 そこに一人の原人が現れた。パパと言うシロウ君。何で分かるねん。原人はシロウ君に迫るが、 シロウのパパという呼びかけに反応し、苦しむ。予想外の反応に驚いたゲルサドラは、 さらに原人狂暴化音波(?)のパワーを上げさせる。また凶暴になったパパ原人だが、 シロウ君がまたパパと呼びかけ、また苦しむ。さらにゲルサドラはパワーを上げる。 そしてパパ原人はシロウ君の首をしめようとする。シロウ君の涙がパパ原人の手に落ちる。 すると突然パパ原人は正気を取り戻し、シロウ！ と言って抱きしめる。 円盤メカはそれの影響を受けたのか何なのか、パワーのオーバーロード？ により爆発し、 他の原人も凶暴でなくなった。
元に戻ったトウドウ夫妻(何でそんな簡単に元に戻るねん…)。 ありがとうと健と握手する。ギャラクターの陰謀も親子の愛の前には敗北することを知った健達であった。 (というかガッチャマン、全く活躍せず。)南部博士の指令により、先に調査に出かける甚平のニューG4号機。 だがそれも墜落してしまう。オンボロヘリコめと蹴飛ばす甚平。 甚平が修理していると、少女がやってきて物珍しそうに観察している。 甚平がメカから顔を出そうとして、頭をぶつけてしまう。痛がっていると、 少女は何かを取り出して組み立てた。骨組みだけの小ピラミッドといった所だ。 甚平がその中に入ると、頭の痛みが無くなった。驚く甚平。少女の名前はユカリで、 父親はピラミッドパワーを研究している偉い学者だという。 甚平とユカリはすっかり打ち解け、楽しそうに遊びまわった。 夕方、ユカリの父親(スガタ博士)がユカリを迎えにやって来た。甚平の姿を見て、科学忍者隊と驚く。
スガタ博士はピラミッドパワーを研究する費用の為、ギャラクターと手を組んでいた。 ゲルサドラはピラミッドパワーの秘密が手に入ればスガタは用済みだと言う。 ピラミッド都市の最後を見せてやろうと、ピラミッド要塞にスガタを乗せる。ピラミッド都市イジプートの完成をスガタのホログラムが高らかに宣言する。 喜ぶ都市の人々。だが、ゲルサドラはピラミッド要塞を動かし、イジプートを破壊する。 驚くスガタ。ファラオな格好の幹部は、スガタのピラミッドパワーのデータを奪う。 廃墟と化すイジプートに娘・ユカリの倒れた姿を見たスガタ(ダジャレにあらず)は怒り、 ギャラクター隊員のマシンガンを奪って乱射、隙を見て逃げ出す。 ピラミッド要塞から脱出する飛行機にスガタが乗っているのを見た健達は、 ピラミッドパワーを破る方法を知るためにそれを追う。
スガタは、ピラミッドパワーを破る為には、ピラミッド要塞よりさらに大きなピラミッドを作り、 覆い被さらなければならないがもう手遅れだ、私は何と言うことをしてしまったんだと頭を抱え崩れ込む。 少し考え事をしていたジョーは、何かに気付いた様子で健！ と言う。 それに呼応して健も、方法はそれしかないだろうと言う。何か言わなくても分かるとはさすがだね(?)。 健は、方法は科学忍法火の鳥・影分身(I第82話「三日月サンゴ礁を狙え！」以来の登場！ 前作で三回しか使っていない影分身がIIでは本家火の鳥より先に登場とは…)しかないと言う。 各メカを配置して、ピラミッドの形を作るのだ。だがその為には、 最も負担がかかる頂上の部分は静止できるメカがやらなければならず、 それは甚平のスワローヘリコ(ニューG4号の名前初言及！)にしかそれは出来ない。 だが甚平は、ユカリちゃんのためにも頑張ると言い、健達は影分身を決行する。廃墟でスガタに、みんなお前のせいだとつかみかかる甚平。 だが目覚めたユカリが止めに入り、甚平お兄ちゃんなんか嫌いと言う。 甚平はショックを受け、言い返そうとするが健は止める。 スガタはユカリを抱きしめ、自分のしたことを激しく後悔する。そして救急飛行機(?)に乗り込んで行った。 甚平は後ろを向いて、ただ耐えるしかなかった。スガタは一生罪を背負って生きていくことになるだろう。
やたら暗い話だなあと思ったら、演出押井守でやんの(爆)。子ども達とピクニックしているジュンと甚平。孤児院の子達かな？ だが甚平は荷物を沢山持たされてへとへとだ。さらには足の皮が剥けてしまった。 甚平が痛がっていると、少年がやってきて、その辺の草を適当に揉んで甚平の足の患部にこすりつけた。 するとたちまち痛みがやわらいだ。少年に感謝する甚平。少年の名はハリーと言う。 甚平はハリーの虫かごに入っている変なものに気がついた。それはレッダーの種子だった。 ハリーはそれを拾い、珍しいので持ってきたのだった。
後日、ハリーの部屋があるマンション。ベランダのレッダーの種子が植えられた植木鉢から、 レッダーが物凄いスピードで成長していく。横に置いてあったトランクが倒れ、中から芋虫が這い出してきた。 そんなことが起きているとは露も知らないハリー。そんな時、来客がきた。甚平だ。ジュンに言われて、 ケーキを持ってお礼に来たのだ。二人でケーキを食べていると、隣室から怪しげな物音が聞こえる。 ドアを開けると、大きく成長したレッダーの触手が襲いかかってきた。 包丁で切ろうとしたが、逆に刃こぼれしてしまった。窮地に陥る二人だったが、 さっきの芋虫がレッダーの葉を食べ始めると、芋虫はどんどん大きくなり、逆にレッダーは苦しみ、 芋虫はさなぎになってレッダーにとりつき、すぐに巨大なアゲハチョウとなって出ていき、 後に残されたレッダーは枯れていった。その話をスナックジュン(かな？)で話す甚平だが、みんな笑って信じない。 だがジョーはオレンジジュース？のストローをいじくりながら、何か気になると言うのだった。
一方その頃、ある街にレッダーが蒔かれ、街は瞬く間にレッダーに埋もれて行ってしまった。レッダーの繁殖した街に向かうと、ギャラクターの基地が建設されていた。 建設を邪魔されないために、レッダーを周りに蒔いたのだ。 アゲハの幼虫が蒔かれ、どんどん弱って行くレッダー。ゲルサドラは驚愕する。 レッダーが枯れた所で、健達は各メカに乗り込み、基地をバリバリ破壊して回る。 そして爆発炎上する基地。ゲルサドラはおのーれおのれゲルサドラは…と前回と同じ台詞を吐いて逃げ去る。
海に突然変異アゲハチョウが落ちて行く。異常に育ったために、すぐ死んでしまうのだ。 健達はアゲハに感謝しながら、帰途につくのであった。甚平を置き去りにしたことでジュンは自分を責めていた。 暗黒要塞の映像を見たジョーは、要塞から衛星の部品が流れ出ているのを発見する。 ここからなら中に入れそうだ。ジュンの作ったスワンロケット(なんじゃそりゃ？)で行くことを決める。 ジュンは自分が行くと言うが、ここはいいだしっぺの役目だとジョーがやることになる。
宇宙に飛び出すニューゴッドフェニックス。早速ジョーは宇宙用装備に着替え(OPの宇宙用ヘルメット登場)、 スワンロケットに乗って出発した。だがロケットにはヒビが入っていた。 爆発するスワンロケット。地球に戻った健達。ジョーは無事だったものの、ジュンはますます自分を責める。 ジョーは腕利きのメカニックにしては手落ちだったとジュンに言う(ジュンってメカニックの腕良かったのか！？ 初耳だぞ…)。 また衛星が襲われ、今度はサターンルビーが奪われた。 これをレーザー光線に使えば恐ろしい威力のものが完成してしまうのだ。 ジョーはもう一回スワンロケットでチャレンジするため、ジュンに頼む。 ジュンは渋ったが、意を決しスワンロケットを作り始める(いつの間にそんな技術を…)。
再び宇宙に来たニューゴッドフェニックス。 今度はスワンロケットでうまく忍びこめた。ジョーは衛星のゴミを流し、 暗黒要塞の後をニューゴッドフェニックスが追いやすくする。月基地に入っていく暗黒要塞。 ニューゴッドフェニックスも基地に入り、 健達は攻撃を開始した。 ジョーは甚平を探す。甚平の声が聞こえる。ソニックガンでドアを破り、甚平や衛星の人達を助け出す。 と、ジョーの後ろにギャラクター隊員が立ち上がったが、甚平のリバウンドボールにより倒される。 甚平は衛星の人達に、ギャラクターのメカで脱出するよう言う(何でニューゴッドフェニックスに乗せないんだ？)。 爆発していく基地。Iのバンクフィルム使ってるよ… (地面に半分覆面の破けたギャラクター隊員が爆風で押しつけられるパターンのやつ)。
健達はニューゴッドフェニックスで脱出する。暗黒要塞も出てきた。 暗黒要塞にエネルギー系攻撃をしても吸収されてしまうが(何で分かるの？)、 火の鳥をぶつければ膨大なエネルギーに耐えられないはず。 火の鳥になり、暗黒要塞に体当たりする。爆発する暗黒要塞。 ゲルサドラはおのーれおのれ…と完全にパターン化して逃げて行った。 健達は、自分達のチームワークはまだ健在であることを確かめ、地球に戻っていくのだった。(…でサターンルビーはどうしたんだ！ 結局それなら、話に出す必要あったのか？)