というわけで、前作第八話「三日月サンゴ礁の秘密」と第四十四話「ギャラクターの挑戦状」の映像が流れます。 要するに総集編みたいなもんですね(爆)。
北極に近付くニューゴッドフェニックスに、シータイガーが迫る。 シータイガーから発される磁力光線により、ニューゴッドフェニックスは操縦が効かなくなった。 氷山に突っ込み、さらに進んでいくニューゴッドフェニックス。 また前方に氷山が見えてきた。後ろにはシータイガーだ。 健は火の鳥を使うことにするが、コンドルアタッカーの配線が故障していた為、使用できない。 だがジョーは何とかすると言って行ってしまう。ジョーは切れた配線を持ち、自分の身体に電気を通した。 火の鳥を使う健達。すると何故か周囲が凍り始め、氷のバリアに当たったシータイガーは爆発、 氷山が崩れ、ギャラクター基地も崩壊する。 一体どうなったんだと聞かれ、健はどうしてかは分からないが氷のバリアが張ったので助かったと言う… (って…嘘でいいからエセ科学的に説明してくれ！ 分からないってなんやねん！)。 一方ジュンは、ジョーが自分の身体に何万ボルトもの高圧電流を流したことに気付き、不思議に思うのだった。この所多発する、南国でのあるはずの無い猛吹雪。 アンダーソン長官に質問され、南部博士は、おそらくバンアレン帯を操作して局地的に猛吹雪を起こすが、 何かのトラブルでそれが一時的なものになったのだろうと言い、犯人はギャラクターと言いきる。
現場に向かうニューゴッドフェニックス。異常気象の影響で死んだ魚達が海面に浮いていた。 竜は怒り、今回ばかりは居残りじゃなく偵察に行かせてくれと健に頼む。健は承知する。 発進するニューG5号。だが磁気嵐が発生、竜は気を失う。竜が気がつくと、ニューG5号はとある島の近くに座礁(?)していた。 外に出てみると、海には鮫がうようよしていた。竜がソニックガンを構えると、 どこからか銛が飛んできてガンを弾いた。竜が誰だと言うと、老人があらわれ、 鮫狩りのロッコと名乗った。
ロッコじいさんの手伝いでニューG5号を砂浜に引き上げる竜。 そして魚をご馳走になる…が竜、フェイスガード(?)したままで食うな…どうやって食ってるんだ…(爆)。 ロッコじいさんの話によれば、この島の近くに悪魔が降りてきて、魚が取れなくなり(ならなんで鮫がいるんだ)、 他の住民は皆出ていったという。それを聞いた竜は、悪魔とはギャラクターのことでは無いかと考えた。総裁Xに実験中座を叱られるゲルサドラ。 総裁Xはバンアレン帯を操作して太陽への道を開き、同時に地球を凍らせて人間達の反撃を防げと言う。 ゲルサドラは総裁Xの真意が掴めないながらも、すぐにバンアレン帯操作を再開する。
磁気嵐から脱出し、アメリア空軍基地に退避していた健達だが、依然竜の消息は掴めないでいた。 しかし、雪が降り出した為、出発することにする。 途中、ジュンがホーンドタンク (ニューG5号の名前発覚！ ホーンドオウル＝みみずくってことやね。後名前が分からないのはニューG3号だけだが…) の信号を発見した。早速島に向かう健達。健とジュンが辿りつくと、ロッコじいさんは寒さで死にかけていた。必死に火を炊く竜。 竜はニューゴッドフェニックスでロッコじいさんを近くの島に運んでくれと健に頼む。 しかしそんなことをやっている時間は無かった。ロッコじいさんは、家族も皆出ていってしまったが、 自分だけはここに残ると言い、銛を自分だと思って持っていけと竜に手渡し、動かなくなる。 ジュンは気を失っただけ、でも危ないと言う。竜は再度頼むが、 健はこのままでは沢山のロッコじいさんのような犠牲者が出る、俺達にしてやれるのは灼熱の太陽を返してやることだと言うのだった。
ニューゴッドフェニックスがギャラクターの基地があるとおぼしき地点に向かうと、 珊瑚要塞が海から姿を現した。珊瑚要塞は磁力フィールドを作りだし、 パイマーは後ろの壁に激突して大破(無残…)、バードソーサーやソニックガンが壁に張り付いた。 さらに苦しむジョー(毎度お馴染みの伏線)。ニューゴッドフェニックスは全機能停止してしまう。 いち早く気絶から目覚めた竜は、ロッコじいさんの銛なら磁力フィールドに影響しないと気付き、 ダイナマイトを括り付けて珊瑚要塞に投げつける。見事成功、爆発していく珊瑚要塞。 ニューゴッドフェニックスも解き放たれた。健が必死に操縦すると、 竜がやってきてどけ健と操縦を代わる(さすが今回のメインだけあって強気(爆))。 おのーれおのれで逃げるゲルサドラ。珊瑚基地はいつものように誘爆しまくって崩壊した。島にロッコじいさんの墓を立てる健達。 竜があのときロッコじいさんを運んでいれば…と言うと、 健は俺達の力はちっぽけなものだ、ギャラクターの陰謀は叩けても老人一人の命すら救えない、 だがこれが俺達の戦いなんだ、逃げられない現実の戦いなんだと言う。 竜はオラには分からん、どうして強くて頑固で優しく、海が好きだったロッコじいさんが死ななきゃならないんだと泣くのだった。
やったら暗い話だなあと思ったら、また演出押井守だし！(爆) いや脚本も同じ山本優氏なんだけどそれは他のもそうだし、押井演出作品は決って非常に暗くなる…ような。進水式に向かっていた健と甚平。だが車が壊れてしまい、立ち往生していた。
甚平は通る車に助けを求めるが、無視され続ける。
そうこうしていると、一台のオープンカーが止まった。運転する女性、
ジュリアの好意で進水式の場所まで乗せてもらうことになった。
ジュリアは、国際科学技術庁で警備員をしている兄ジェフの所に尋ねる途中だと言う。
病院。手術室に運び込まれるジュリア。兄ジェフは、健達のせいでジュリアが巻き込まれたと怒る。 言い返す言葉も無い健と甚平であった。
総裁Xとゲルサドラ。メカカラス軍団、ブラックローを使い、 国際科学技術庁の開発したハイプルニウム600を奪う計画を話し合う。 ハイプルニウム600は、従来のプルトニウムの600倍のパワーがあるのだ。Gタウン。机にカラスが投げ出される。首がもげて、中の機械が見える。
とっつかまえるのに苦労したぜと語るジョー。
ブラックロー軍団は次々と各地を襲い、国連軍も対抗出来ないでいた。
南部博士は、ゲルサドラからの脅迫の通信テープを流す。
ゲルサドラは、ハイプルニウム600をアバタハイウェイ第四インターチェンジに持って来い、
持ってこなければ、手始めにクイーンズシティの街を攻撃すると言う。
クイーンズシティにはジュリアの入院している病院があると甚平は気がつく。出動する科学忍者隊。
南部博士から、ハイプルニウム600が奪われたことを聞き、
現場に急行するニューゴッドフェニックス。
健は、ハイプルニウム600入りトラックの運転者が、ジェフであることに気付く。
健はニューゴッドフェニックスから出て、トラックに飛び乗る。
ジェフと格闘になる健。警備員とは言え、一般人の割にはなかなか粘り強いジェフ。
だが最後には健の一撃でジェフは伸び、トラックは横転、陸橋から下に落ち、
投げ出される二人(そんな大事故になって、ハイプルニウム600は大丈夫なのか！？)。
一方、インターチェンジの陸橋からギャラクター基地が出現、
さらにそこから出てきたブラックロー軍団に襲われるニューゴッドフェニックス。
ジョーは磁力ミサイルを甚平に撃たせる(前はあんなにミサイルにこだわってたのに…(爆))。
磁力ミサイルに引きつけられてブラックローのカタマリが出来始めるが、
ゲルサドラは逆に、それをニューゴッドフェニックスにくっつけてしまう。
磁場に苦しむニューゴッドフェニックス。だがジョーは、
科学忍法バードスカイビング(なんじゃそりゃ？)でギャラクター基地に突入をかけ
(以前はゴッドフェニックスの操縦下手だったのに上達したもんだ(?))、
寸前で磁力ミサイルの磁力スイッチを切る。ミサイルは引力で基地に落ちて行く。
逃げるゲルサドラ。ニューゴッドフェニックスは急上昇して逃げ去る。
爆発する基地。
ジュリアの手術は成功した。エキストラのくせにやたら存在感のある看護婦から、 ジュリアに花束が渡される。健からだわと言うジュリアであった。
Gタウンに集められた科学忍者隊。背景は本物の水中の魚…ってめちゃでかい魚なんですけど！？(爆)
事の次第を聞かされる健達。シレアボから何か、読み取れない通信が送られているという。
異星人からの通信か、生き残った職員か。調査に向かう科学忍者隊であった。
天文台に到着する健達であったが、すでに天文台はギャラクターに襲われていた。 ギャラクター隊員をいつものようにぶちのめす健達。 ソニックガンが炸裂…と思ったら、甚平曰くショックガンだから数分で目が覚めるとのこと。 何時の間にそんなものを…。遅れて南部博士も到着する。 カッシング博士は死ぬ間際に、ただ一人亜空間通信技術を持つというドクターラッフェルの名を口にする。 総裁Xは彼のことを恐れているらしい。驚くジョー。 だが背後では、ギャラクター隊員がラッフェルのことを通信していた。
宇宙に自分のことに関する情報を求める通信が流れていることに気付いた総裁Xは、 ゲルサドラに命じて通信基地や博士を殺されたのだが、それでも流れている通信に苛立っていた。 隊員からラッフェルの名を聞き、奴が生きている筈が無いと驚愕する総裁X。 総裁Xは、通信は亜空間通信波ディープウェイブ(ナニソレ？)を使っていることに気付き、 逆にそれを利用して、二つの大国の核ミサイルを発射させることに成功する。ミサイルを追って出動する健達。だがジョーは一人、 ドクターラッフェルの秘密基地へと向かっていた。 砂漠の山の中のカルデラ湖のような所に潜る。中には秘密基地があり、 ドクターラッフェルが待っていた。 ラッフェルはミサイルを止める為に、こんなこともあろうかと作っておいた(真田さん？(爆))、 デイスラー爆弾を使わねばならず、その任務を遂行できるのはジョーだけだと言う。 ジョーはそのつもりで来たと言うのだった。
ニューゴッドフェニックスの前に立ちはだかる、ゲルサドラの空中要塞(?)。 健は体当たりを仕掛けようとするが、要塞の噴射？で近付けない。 そこにジョーの乗ったロケットが近付く。 ロケットの先端部分であるミサイルを発射するジョー。 ミサイルは要塞に命中、ゲルサドラは直前におのーれおのれと逃げ去る。 その爆発に両核ミサイルも巻き込まれ、さらなる大爆発(いいのか！？)。 健達が気がつくと、要塞もミサイルも消えていた。不思議がる健達。 その一方で無事地上に着陸するジョー。 人々は、ジョーによって地球が救われたことなど、知る由も無かったのであった。