ベスビオ市は国際科学技術庁の南部博士らにより休火山に建てられた新興都市で、
地下のマグマからエネルギーを取り出している。
それは元々ワシが発見したものだと怒る総裁X。ベスビオ火山の地下にはかつてベルクカッツェが作った基地が残っており、
ゲルサドラに出撃を命じる。
基地から発射されたミサイルにより地殻が破壊され、マグマが噴出した。 そのマグマはベスビオ市に張り巡らされた地下鉄を通り、街をメチャメチャにしてしまう。
ニューゴッドフェニックス。甚平が操縦室に入ってくるが、ジョーがいないことに気付く。 そこに南部博士からの通信が入る。南部博士はマグマ凝固ミサイルを現在開発中だが、 これ以上地殻を破壊されるとそれも無理になるので、ギャラクター基地の破壊を命令するのだった。でかいトロッコのようなものに乗って坑道を走るジョー。 と、人影を見つけたジョーは隠れる。が、それはキャシーだった。驚くジョー。 キャシーはギャラクターを憎み、復讐に生きていると語る。 ここでジョーの両親が殺されるシーンの回想。多分前作の映像の使いまわしじゃないのが◎。 ジョーはキャシーも両親を殺されたのかと問う。キャシーの回想。 幼いキャシーが泣き叫ぶシーン。キャシーは私はジョーの影だと語る。 そうこうしていると、ギャラクター基地が見えてきた。 だが、前方、後方にシャッターが下ろされて閉じ込められる。 ゲルサドラの声が響き、安らかに眠れと言って切れる。シャッターの中央部分が発光する。 頭をおさえて苦しむ二人。だが、何とか二人のガンの集中砲火で破壊することに成功する。 と、そこに南部博士からの通信が入る。ニューゴッドフェニックスがギャラクターの大部隊に襲われた。 パイマーだけでは不安なので至急援護に来るようにというものだった。
墜落しているゴッドフェニックス。ジョーの兄貴がいればさと愚痴る甚平と竜。 マグマ凝固ミサイルを調べていた「すっかりメカ専門家と化した」ジュンは、 凝固装置は無事だが推進装置が故障していて、マグマを探知できないと言う。 健はそれなら自分が探知機代わりになると言い出す。 と、そこにジョーがやってきて、その役は俺が引きうけたと言い、 健を殴って気絶させるのだった。ギャラクター基地に忍び込んだジョー。キャシーがまたやってきた。 人の気配の無い基地。怪しげな部屋に入ってみると、 そこにはピエロ人形があり、それからゲルサドラの声が響く。この基地はマグマに沈むと。 揺れる部屋。キャシーは崩れる壁に当たって倒れる。駆け寄るジョー。 キャシーの破れた服の下から、鋼鉄が見えた…自分と同じサイボーグ(作中言及はされない)だと気付くジョー。 突然、キャシーはジョーを撃つ。倒れるジョー。痺れは数分で取れると言う。 キャシーはドクターラッフェルの命令でジョーの影となったと言う。 43200秒、半日の恋だったと言い、ジョーに首に巻いていたスカーフを渡し、 マグマ凝固装置を持って去っていく。キャシーーーーーー！ と叫ぶジョー。
海岸でジョーとキャシーのアハハハハまてーなおいかけっこ。 だが追いつくと、キャシーは何処か遠くに行ってしまって…で目覚めるジョー。キャシーは崖からマグマの海に身を投げた。凝固するマグマ。 いや、単に身を投げるだけなら、凝固装置を投げ入れればいいと思うんですけど。 と納得のいかない視聴者を置いて話は進む。崖から見下ろすジョー。 そこに健達がやってきた。お前は何回死にかけたら気が済むんだと怒る健。 それに対しジョーは、おめぇ、たった半日だけの恋なんて信じるか？ とか言って去っていく。 挿入歌で流れる佐々木功の歌。最後にスカーフをポイと捨てて終わり。
南海の孤島。健達が待っていると、UFOがやってきて、一人の人間が降りてきた。 その人は、地球防衛軍の有能なパイロットで、一ヶ月前にギャラクターとの戦闘で死んだと思われていた、 モルグ少佐だった。彼は宇宙人に助けられたという。そしてモルグ少佐は、 健の父、レッドインパルス隊長鷲尾健太郎が生きているという驚くべき情報をもたらした。 彼もまた宇宙人に助けられたが、記憶喪失なのだと言う。健はたまらず、南部博士の静止を振りきってイーグルシャープで飛び出して行く。 ここで鷲尾健太郎が健に別れを告げてミサイルに乗り込んでバンアレン帯を命をかけて押し戻す回想シーン。 今もなお人々の胸に焼き付いている英雄の最期とナレーション。
健はUFOに追いつき、その窓に鷲尾健太郎を見る。健は必死に追いかけるが、 UFOは逃げる。健のイーグルシャープは崖に激突して墜落してしまう。健が気がつくとそばにモルグ少佐がいた(健は通常スタイル。少佐に正体ばれてますがな)。 健はUFOの基地を知らないかと尋ねる。モルグ少佐は知らないと答えるが、 健はだいたいの見当はつくだろうと食い下がり、結局モルグ少佐の案内で向かうことになる。 南部博士は密かに、ジュン達をニューゴッドフェニックスで後を追わせ、ジョーには別の任務を与える。
崖を登る健とモルグ。モルグを上に引き上げると、モルグの懐からロケットが飛び出た。 ロケットにはモルグの息子の写真が入っていた。健は、一刻も早く息子さんに会いたかったろうに、 自分の都合ばっかり考えていたと謝る。モルグは、健の父は立派な人だと語る。 健は、父は命をかけてギャラクターに対抗する姿を見せてくれたと話す。一方ジョーは、モルグの息子の行方を追っていた。怪しい絵描き風の男は、彼は孤児院に行ったと言う。 そうですかと去るジョー。その後、怪しく笑う絵描き風の男であった。
健達はUFOのところに辿りついた。何故か躊躇しているモルグ。 UFOから鷲尾健太郎と宇宙人が出てきた。おとうさ〜んと駆け寄る健。 だがモルグは、いきなり銃をぶっ放す。銃は健太郎と宇宙人にあたり、二人の化けの皮がはがれた。 彼らはギャラクター隊員だったのだ。驚く健。モルグは、息子を人質に取られてギャラクターに操られていたのだ。一方さっきの絵描き風の男はモルグの息子が閉じ込められている地下倉庫に入る。 彼も変装を解き、ギャラクター隊員の姿をあらわす。そして息子を殺そうとするが、 ジョーが現れて羽手裏剣で隊員を倒し、モルグの息子を助け出し、そのことを健に通信する。
健はソニックガンをUFOに向けて放つ。爆発するUFO(弱い…)、逃げて行く覚えておのーれゲルサドラ。 健はおとうさーーーーーーーーーーーーんと絶叫するのだった。 そして前回同様、森功至のものと思われる挿入歌が流れ、たそがれる健、遠くから見つめるジュン、甚平、竜。というわけで、前作幻のレッドインパルスの焼きなおしヤンケという駄作でしたね全く。 まぁ最後の挿入歌が流れるシーンで、健に駆け寄る三人、甚平の口パク(台詞無し)はまだしも評価できる演出でした。
各メカで付近の探索に出た健達。竜は、漁村を見てまるでオラの田舎に帰ってきたみたいだわとつぶやく。 そしてホーンドタンクから外に出ると、助けてーと言う女性の悲鳴が聞こえた。 驚いてそちらを見ると、女性が三人の男に追っかけられてきた。 女性の美しさに見とれて竜はデレデレした顔になる(ほんまにスケベな表情…竜…)。 女性をかばう竜。男たちは、この不良娘のユカが村に火をつけたという。 それを否定するユカ。竜はこんな美しい人が嘘などつくはずないと、またデレ〜とするのであった。
海中の要塞。クルージングミサイル一号の失敗を叱責する総裁X。 ゲルサドラは、村人は皆捕らえたので、バレる心配はありません、二号機は必ず成功してみせますと言うのだった。健達は焼き払われた村を調べ、ユカの言う事は本当だったと言う。 まるで村を潰そうとしたかのような焼き方に、何かを目撃した為に口封じとしてやられたのではないかと推理する。 甚平はワンパターンかも知れないけどさ、きっとギャラクターの仕業さと言う。 いや、実際ワンパターンだと思いますが。 ユカは、竜に白い男の人は誰かと聞く。竜は大鷲の健だと答える。ユカはどうやら健に興味を持ったようだった。
ユカは夜の砂浜に、大事な用があると健を呼び出す。 健を座らせ、この砂浜は自分だけの秘密の砂浜だと語る。そして、いきなり健に抱きつく。 崖の上で様子を見ていたジュンと竜は、それを見て慌てる。 だが健はユカを払いのけ、村人がいなくなったと言うのに何なんだ君はと怒って行ってしまう。崖の上で話すユカと竜。ユカは親を早くに亡くし、村人達に育てられたが、 本当はみんな自分を厄介に思っていると言う。 しかし竜は、でっかい海を相手にしている人間に悪い奴はおらんと言い返す。 そんな竜に、ユカは下の海に真珠の指輪を落としたから拾ってきてと頼む。 竜は了解し、崖から海に飛び降りてしまう。驚いて竜を心配するユカ。
海底の竜。指輪を探すが、かわりにクルージングミサイルの残骸を発見するのだった。心配そうに海を見つめるユカ。と、竜があがってきた。 ホッとするユカ。竜は凄いものを見つけたと、ミサイルの部品を見せる。 そして、真珠の指輪は見つからなかったことを言い、かわりと言って真珠入りの貝を渡す。 それを見たユカは泣き、自分がふらふらと飛んで行った飛行機を見たと告白する。 それを聞いた竜は、それが原因で村人が誘拐されたと気付くのだった。
竜の持ちかえった部品を分析した結果、南部博士はこれはクルージングミサイルだと語る。 狂ったミサイル？ と聞く甚平。アホかとそっけなく(本当に物凄くそっけない言い方！)言い返す竜。 南部博士は、クルージングミサイルとはミサイルに飛行コースをインプットすることによって 複雑な地形をも自動で低空飛行することが出来、その為レーダーにも引っかからないものだと解説する。 そして、この付近には重要な建物は無いが、おそらく敵の狙い目は少し離れた所にある宇宙天文台だと語る。 その宇宙天文台は過去の失敗(第十二話・Dr.ラッフェルの秘密の回のこと？)を教訓に、 地の利を生かして作られた強固な建物であったが、それとてクルージングミサイルにはひとたまりも無いのだ。海中要塞からクルージングミサイル二号が発射された。ニューゴッドフェニックスのレーダーに感知するが、 すぐ消えてしまう。天文台に急行するニューゴッドフェニックス。
クルージングミサイルを見つけた。ジョーはバードミサイルで叩き落してやると言う(久しぶりにミサイルにこだわるジョー！ いいね〜、やっぱりジョーはこうでなくっちゃ)。しかしジュンは民家が多すぎると止める。 悔しがるジョー(いいねいいね〜)。健はミサイルに飛び移って操縦すると言い出す。驚く皆。ニューゴッドフェニックスの後部ハッチが開けられ、健とジョーがロープでミサイルに飛び移ろうとする。 バァードフライ！ で飛べば？ と思うがまぁいいや。ジョーはミサイルの入り口(?)を開けるが、 勢い余って落っこちてしまう。民家の屋根に着地して後を健に託す。 健はうまく中に潜入し、機械を操作する。だがあと一歩という所で、横のコンピューター(?)が崩れてきて、 下敷きになってしまう。天文台は間近だ。竜は決心し、操縦をパイマーに任せ、 ロープを伝って降りる。摩擦熱に耐える竜。ミサイル内に潜入した竜は健を助けだし、 機械を操作し、脱出する。クルージングミサイルは逆に飛行し、ゲルサドラの海中基地にぶつかり、 大爆発を起こすのであった(あの〜、中に囚われていると思われる村人は？)。
ユカは竜の心に打たれ、これからは嘘をつかず真面目に生きることを誓う。 そんなにもてるとは見なおしたぜと竜に言うジョー。甚平はおどけながらもてる秘訣を竜に聞く。 竜は男は顔じゃなく心だと言い、だから甚平も自信を持つんだぞと言う。ずっこける甚平。笑うみんなであった (あの〜、囚われの村人達はぁ〜〜〜？)。総裁Xは裏切り者にマイクロファイルを奪われて逃げられたことを聞き、怒る。 だがゲルサドラは、マイクロファイルには発信機が取りつけられてあると言うのだった。
マイクロファイルの中身を解読する為に、最新コンピューターがあるオングレー研究所に持っていく科学忍者隊。 車で走るジョー。後ろからギャラクター隊員が変な乗り物に乗って襲ってきた。 甚平や竜達がギャラクターを撃退する。しかし、ジョーは突如、めまいに襲われた。 もう頭痛を感じることの無い体の筈なのにと驚くジョー。ジュンはジョーの異変に気付き、 ジョーの車に飛び乗った。倒れてグッシャーンのニューG3号機(あわれ)。 しかしジョーのめまいは続き、車は崖に転落してしまった。ジョーは昔を回想していた。デブルスター隊員に親を殺されたこと、 めまいが始まって徐々に身体が蝕まれて行ったこと、余命幾ばくも無いことを知ったこと、 そしてギャラクター基地を発見、隊員達との戦い、傷つき倒れていったこと、などを思い出した。 このシーンは全て前作の絵の使いまわし。一部台詞は何故か新録、BGMはほぼ新録。
倒れたジョーを置いて基地に潜入していった健達。その後、ジョーはうすれゆく意識の中で近付く謎の老人の姿を見る。 彼こそがドクターラッフェルだった。ラッフェルに驚くべきことを施されたジョーは復活することとなったのだ。目が覚めるジョー。そばには心配そうなジュンがいる。ジョーはマイクロファイルは無事かと聞く。 ジュンは大丈夫よとそれを見せる。何かがチカチカ点滅していた。 ジョーは、マイクロファイルに付いていた発信機のせいでめまいや耳鳴りがしたと気付き、 怒って発信機を握りつぶす。ジョーの発言に驚くジュン。 と、ギャラクター達が襲ってきた。ジュンはジョーをかばって怪我をしてしまう。 ジョーは怒り、バードゴー！ で変身して隊員を叩きのめして行く。 そしてギャラクターの移動要塞(?)をぶっ壊す。爆炎の中からでてくるジョー。 ジョーはジュンを抱っこしてそこを後にする。健達三人がやってきてジョー！ ジョー！ と叫ぶ。 ジュンも呼んだれや…。マイクロファイルはオングレー研究所に無事運ばれたが、 結局解読は出来なかったとナレーター。ナンジャソリャ…