高笑いするゲルサドラ。大そうご機嫌だなと総裁X。ゲルサドラはウミーバーの前には赤子同然と語る。 しかし総裁Xは怒り、シースキー博士の持つエネルギー増幅の方程式を手に入れなければ意味が無いと言う。 ゲルサドラはおぉコワとすっかりレギュラーフレーズになった言葉をつぶやき、 ちゃんと次の作戦は立ててあると語るのであった。
シートランドに急行するニューゴッドフェニックス。 嬉しそうにソニックガンを手入れするジョー。一方、うつむき元気の無いジュン。 健はジュンに声をかけようとするが、丁度南部博士からの通信が入る。 南部博士は、シートランドは壊滅は免れたがそれでもかなりのダメージを被った、 シースキー博士は丁度出かけていて無事だったのが不幸中の幸いだったと語る。 ジュンはシースキー博士の娘ミリーは無事ですかと聞く。彼女はジュンの幼馴染であり、 シートランドのオペレーターをしているのだ。南部博士は行方不明だと答える。 肩を落とすジュンであった。シートランドに到着するが、シースキー博士は疲れているので会いたくないと言う。 折角来たのにと怒るジョー。健はお前にだって分かるだろうが肉親を失うつらさがと言う。 ジョーは一瞬ギクリとするが、とっくに忘れちまったよと答えるのだった。
通路を歩いていたジュンは、通信室が使われているのに不審を感じ、そっと覗き見る。 何とそこでは、シースキー博士がゲルサドラと通信していた。ギャラクターにミリーを人質に取られていたのだ。 シースキー博士はエネルギー増幅の方程式をゲルサドラに送るが、 海底のギャラクター基地(滅亡のベルクカッツェに出てきたのとまるきり同型)にガッチャマン達をおびき寄せろと言う。 シースキー博士は言う通りにするしかなかった。衝撃を受けるジュン。ニューゴッドフェニックスは他の用でシートランドを飛び立つ。 理由をつけて一人居残るジュン。シースキー博士はジュンと共に、 ギャラクター基地探索と言ってピーピングマシンに乗り込みマニフォール海溝に出かけた。
一方ニューゴッドフェニックス。健はジュンの様子がおかしいことに気付き、 俺の想像が当たっているならばジュンが危ない！ と言い引き帰すのだった。ピーピングマシンの中。突如船内が揺れる。
シースキー博士はこれはモノポールの電気的衝撃でエネルギー増幅作用があるとか何とか語る。
これが解明されれば新しいエネルギー源に…とシースキーは言うが、ジュンはでもそれが悪用されれば恐ろしい力に…と言い返し、
口篭もるシースキー。
と、ギャラクター基地が見えてきた。シースキーはジュンに手刀を食らわす。
気絶するジュン。おいおい、科学忍者隊ともあろう者が弱いぞ。
一方、ニューゴッドフェニックスはウミーバーに囚われていた。 ジョーは火の鳥で脱出だと言うが、竜はジュンが無しでは回路が開かんと言い返す。弱い。
隊員は珍しく、腕から剣を出してジュンに攻撃してくるが、よけられて向こうから来た隊員と当たり、 同士討ち。どんどん倒されていく隊員。ゲルサドラは敵ながら見事だと言い、さっさと逃げ去る。 そして自爆する基地。ジュンはミリーと脱出する。ウミーバーはコントロールを失い、 海溝に落ちていった。ニューゴッドフェニックスはピーピングマシンを誘導して上に戻る。ミリーは父の思いを継いで、シートランドに一生を捧げると語り、 ジュン達に別れを告げるのだった。…あ、忍者隊の正体がばれてるけどいいのか！？(爆)
プールで水泳勝負をしているジュンと甚平。女なんかに負けるなよと問題発言ジョー。 ジュンは泳ぎがうまく、甚平は負けてしまう。そこに南部博士がやってきた。 試作エンジンを取りつけた宇宙連絡艇が故障し、爆発の危機に瀕しているという。 ジュンにそれを修理する任務が降りた。負けたら何でも言うことを聞く約束だったので、 甚平もついていくこととなる。
シャトルの発射場。連絡艇のほとんどはロボットが修理出来るが、 制御部分だけは人がやらなくてはいけない。G3号は新しいメカの修理にかけては天才と言う係員 (そうだったのか…)。修理をはじめるジュン、甚平。 何かジュンのパンツがチラチラ見えるのはアニメーターの趣味か？ まぁそれは置いといて、 こき使われる甚平。ジュンは工具を取ってくると、甚平に制御装置のボタンを押させておき、取りに行く。 甚平はおねえちゃんと結婚する人は苦労するだろうよとブツブツ言いながらボタンを押していると、 後ろから謎のロボット？に銃を突きつけられる。慌ててボタンから手を離してしまう。連絡艇の中。ロボット？の中身は女の子だった。女の子はサチコと名乗り、 宇宙ステーションにいる親に会う為にやったという。もう一年も会っていないと言う。
管制室。連絡艇の第三エンジンの推力が落ちていることを発見する。 だが、丁度連絡艇の行き先にはモア号があった。管制室はモア号に通信するが、 返事は無かった。やむをえず、モア号のハッチを遠隔操作で開くことになる。 ジュンは甚平を心配し、健達に助けを乞う。モア号はギャラクターに占拠されていた。マントルエネルギーのデータを探すゲルサドラ。
しかしそれは誰かが直前に、持ち出して隠れているようだ。
そのころ、連絡艇はモア号とドッキングしていた。だがモア号に人気は無かった。
サチコは母が病気なので父を連れ戻しに来たことを語り、
甚平はおとうさんおかあさんは泣き所だと言ってサチコに協力することにした。
二人はギャラクター隊員と鉢合わせしてしまう。逃げる二人。
隊員に追い詰められるが、銃声が鳴り響く。倒れる隊員。撃ったのはサチコの父、
マントルエネルギー調査隊長、有村哲太郎であった。しかしそこをゲルサドラと部下達が取り囲む。
ゲルサドラはエネルギーのデータを要求し、渡せば命までは取らないと言う。仕方なくデータを渡す哲太郎。
モア号の囚われていた人々も助かり、哲太郎とサチコは無事、 ニューゴッドフェニックスに乗って地球に帰還したのだった。
一方その頃、オシア地方の高地で国際防衛軍第八師団の演習が行なわれていた。
と、突如、謎の発光物体が現れ、近付いてきた。軍隊は皆、光に飲みこまれてしまう。
そしてジョーを見失い、荒野をあても無く走る竜もまた、光に飲みこまれていた。
飛び去るフクロウ(おそらく竜を暗に現したものか)。ギャラクター基地。 ゲルサドラはソーラーシフター建設のために、軍人達を洗脳して働かせる作戦と視聴者のための一人事を言い、 だがソーラーシフター建設の目的は総裁Xしか知らないと愚痴をこぼす。 だが地球くらいはくれるだろうと、地球儀を触り、いい感触と喜ぶゲルサドラ。 そこに千葉繁声のギャラクター隊員から、お楽しみ中の所申し訳有りませんがとと連絡が入り、 ニューゴッドフェニックスが近付いてくることを伝える。 ゲルサドラはオホホホホと笑い、隊員もアハハハハと笑う。 ゲルサドラは総裁Xから貰ったメカ、ギャラメーバーで迎撃することにする。 己のアホウぶりをとくと知るがよいとゲルサドラ。
光と遭遇するニューゴッドフェニックス。 なかなか綺麗な光じゃーんと甚平。感心してる場合か？ ニューゴッドフェニックスの操縦はジョー。 そしてギャラメーバーが登場。重力場が発生し、引き寄せられて行くニューゴッドフェニックス。 バードミサイルを発射するが、途中で消滅してしまった。 ニューゴッドフェニックスはギャラメーバー内の謎の空間に突入してしまう。 気絶する健達。最初に起きたジョーが健を起こす。起きた健は、モニターを見てこれは！ と驚くのであった。CM。マルチスクリーンに切り替える。壁全体に外が映し出される。
そこは人工的に作られた亜空間の中だった。防衛軍のトラックも空間に浮かんでいた。
ゲルサドラからの通信が入る。ようこそアホウドリと相変わらずのゲルサドラ。
竜はどこだとジョー。ゲルサドラはこの空間のどこかにいる竜(非バードスタイル)をモニターに映し出す。
って竜の正体がギャラクターにばれてるやん！
あと二十分で亜空間は消滅と言い、ゲルサドラは通信を切る。
この亜空間から脱出するには、ギャラメーバー以上のパワーを出すしかない。
レーダーで竜の居場所を見つけ、ニューゴッドフェニックスを動かそうとするが、
エネルギーコントロール部が故障しており、動かせなかった。
そこでジョーが竜救出に向かい、その間に三人で修理することにする。
無意味に崖の上にたたずむ健達。ジョーは本当にギャラクターを倒せるのだろうかと考え、
竜は火の中を突っ切ったジョーのことを考えるのだった。
…で、囚われの人々やソーラーシフターはどうなったんでしょうか…
まぁソーラーシフターは後で出てくるようですが…
ジュージョー島に生存者の救出に向かう科学忍者隊。
あれ、コンドルアタッカー空飛んでる…どんな車やねん。
一方ジュンは、洞窟に怪我をした女性を見つける。手当てしようとする隙を突かれ、手刀で倒されるジュン、
目がキラーン女性。
海を行くイーグルシャープとコンドルアタッカー。どこでも行けるんかい…
結局何も見つからなかったので、一同はニューゴッドフェニックスに帰還する。
そして気絶した筈のジュンも、何も無かったかのように戻ってきた…(偽者とバレバレでんがな)
目がキラーリの偽ジュン。
本物のジュンが目覚めた所は、牢屋だった。 ゲルサドラは、ここは上下四方を特殊金属で囲んであり脱出は不可能、 Gタウンを破壊して仲間が死ぬところを見せてやった後に殺してやろうと言う。 ジュンが牢屋を見渡すと、隅にやつれた男が倒れていた。
偽ジュンは健達からの通信に、ロビーで休んでいると答えるが、 丁度偽ジュンの後ろを通りかかったジョーは、それが嘘だと知り、不審を覚える。 一方健達も、偽ジュンの通信が声紋チェックに引っかかったことでジュンが偽物と知り、 通信から聞こえてきたのは機関室の音だと、機関室に急ぐ。一方、牢屋からはジュンの姿が消えていた。ギャラクター隊員が中に入ると、 ジュンが登場して本物のオーロラリボンで打ち倒す(あのー、どうやって身を隠したかの説明が全く無いんですけど…)。 そしてアクアラングなどを奪い、海底基地から脱出した。
偽ジュンは、機械に付けた部品を無理に外すと炸裂すると言う(何で爆発といわず炸裂と言う？)。 しかしバードソーサーで倒され、ジョーがヘルメットを剥ぎ取ると、変装が解けた。おぉ、美人だ。 ジョーが生粋のギャラクターじゃないんだろと問い詰める(何で分かるの？)と、 自分はエバ・ダグラスで、父であるビル・ダグラスの開発したダグラスシステムの秘密を守る為に、 父を殺した仇だと言う。そこに本物のジュンが現れた。 ジュンはエバにロケットを渡す。中の写真はエバだ。 ジュンは牢屋に囚われていたのはビル・ダグラス博士で、 彼はギャラクターの拷問に耐えて秘密を守って死んでいった、最後まで娘エバのことを心配していた、 エバはギャラクターに利用されていたことを伝える。真実を知り、泣くエバ。 健達は、Gタウンを守る為、ニューゴッドフェニックスで発進する。 エバはギャラクターめ！ と怒りを新たにしていた。ミサイルの中を飛ぶニューゴッドフェニックス。 と、エバがギャラクター海底基地に向かっていた。ミサイルが彼女を襲う。 あぶない！ と竜はニューゴッドフェニックスでエバを守る。 そしてエバは基地に特攻した。爆発する基地。忍者隊は悲しみに暮れるのであった。 (ニューゴッドフェニックスに任せておけばこんな基地なんか一発だったろうに、 あんまり必然性の無い特攻だな…ま、こういうキャラの末路は決まって死なんですが)