Gタウン。同窓会なんていいなと甚平。ジュンは友達を探りに行ったつらい任務だと言い返す。 同窓生の一人、カール財閥総裁、カール３世がカール帝国(恥ずかしい名前…)を作って世界征服を企んでいるかも知れないのだ。 ジュンはどうしてそんなことを、と言うと、ジョーは男のロマンさ、気持ちは分からなくは無いと答えた。
健の飛行機を挑発する黒い飛行機が現れた。しかし健はうまく操縦し、黒飛行機の後ろにつく。 「俺の負けだ、健！」と言う黒飛行機パイロット。健は自分の名前を知っていることに驚く。 飛行場に到着する二台の飛行機。黒飛行機から出てきたのは、カールだった。 カールは今度は格闘で決着をつけようとする。驚く健。「止めて！」と叫び、女性が現れた。 健は女性を見て、リーザ…と驚く(驚いてばっかり)。同窓会。健はテラスで一人たたずんでいた。リーザがやってきて、 何を考えているのと聞く。健はいや、何もと答えた。4年ぶりね、今までどうしてたのとリーザが聞くと、 健はただがむしゃらに突っ走ってきたと答えた。リーザはただ幸せになりたいと思ってきた、 そしてカールと婚約した、と話す。ノンリアクション？の健。
警備員が怪しい奴がいたぞー！と叫ぶ。逃げる健。追う警備員達。健は階段をどんどん上に上がる。 だが一番上にあった窓は開かなかった。やむなく体当たりで窓をブチ破り、 天井を逃げる。そして向こうの塔に飛び移り、隠れる。だがそこにも警備員がいた。追い詰められる健。 健は懐から謎のGマークのついた金色のコインを取り出し、警備員に当てる。倒れる警備員。 健は警備員の持っていた銃を見て驚く。それにはギャラクターマークがついていたのだ(分かりやすい…)。健はそのことをリーザに話し、知っていることを話すように言う。だがリーザは、 カールは人を信じたことが無い、騙し騙し合い、怪物となっていく世界に生きている、 私はカールを信じたいと言うのだった。
健はカールの書斎を調べていた。そこにリーザがやってきて、健をなじる。 みんな変ってしまったと嘆くリーザ。そして本棚にもたれると、本棚が開いて隠し通路が出てきた (安直な脚本…)。健とリーザは中に向かう。通路の奥では、カールが兵士達に演説をしていた。ギャラクターと手を結び、 メカを手に入れる代わりにマントルエネルギーパワーアップ計画に協力する、と。 リーザがもうやめてとカールに叫ぶ。カールは私はカール帝国のカール３世だと言う(恥ずかしげも無くよく言えるね…)。 健はこれ以上リーザを悲しませるなと言うが、屈強な兵士に捕らえられてしまう。 カールはリーザを、いつも人を信じろと言ってきたお前が率先して俺を疑うとはなとなじる。 リーザはカールを叩き、可哀想な人と言う。カールは怒り、二人とも処刑だと言う。 そこにゲルサドラがやってきて、お前も用無しだから一緒に処刑すると言う。兵士達もギャラクター側についた。 カールは逃げる。カールに放たれる銃弾。カールをかばい、倒れるリーザ。 健はもがくが、屈強兵士に気絶させられてしまう。カールはリーザを見て、 自分をかばったことに気付き、逃げるのを止めてゲルサドラに突進する。 だが銃撃に蜂の巣にされ、倒れてしまう。しかしポケットから何かの装置を取り出し、 ボタンを押す。これで五分後に大爆発だと言う。ゲルサドラは驚き、爆弾を探しに地下基地に向かう。 最後の力を振り絞り、リーザの元に這いずって行くカール。 目覚めた健がカールとリーザの元にかけよる。 カールは今度飛ぶ時はお前のように真っ直ぐ飛びたいと言い、絶命する。健は二人のそばに三人が写った写真を置くのだった。
地下基地で爆弾を探すゲルサドラ達。そこに変身した健、いや、キレた健がやってきて、 暴れまわり、隊員を倒しまくる。ゲルサドラはへっぽこな銃で応戦するが、 全然当たらない。健はゲルサドラに殴る蹴るの暴行を加える。 ヘロヘロになるゲルサドラであったが、健の隙をついて壁を反転させて逃げ出す。 怒り狂う健。ふと気付き、基地より脱出する。爆発する基地。 健は科学忍者隊とは何だろうとつぶやくのであった。街には色んな波長が流れてて、とても調べきれないとぼやく甚平。 腹が減ったとぼやく竜だった。
デブ、メガネ、チビの典型的な３ガキはストーンヘンジから何かの電波が出ていることに気付く。 甚平はそれに興味を持ち、三人に話しかける。三人はコンタクティと言う、宇宙人と会うことを目的とするグループであった。 今までに三人が取った写真を甚平に見せる。その中には総裁Xが地球から脱出する時に使った、 金色の鉛筆型宇宙船？とおぼしきものもあった。甚平は色めき立つが、竜はそれも分からず、ぼやけ放題。 三人は変な電波が出ているストーンヘンジに甚平達を誘うのだった。ついていく二人。ストーンヘンジはネギリス高原(あのねえ…)にある遺跡である。 途中、崖に面した狭い道を通る。３ガキのチビ、ルークは途中で恐くなって動けなくなる。 しかし甚平につかまって何とか渡りきる。
ストーンヘンジに到着する五人。遺跡を上から撮ると、 草の成長がしている所としていない所、はっきり分かれていた。 これは電流の道、レイラインを現すものでは無いか。しかしその時、地震が起こる。 ストーンヘンジの真ん中の巨石が割れて、中から機械が出て来た。 機械からショベルが出てきて、竜以外の四人をかっさらってしまう。健達に連絡をいれる竜。ゲルサドラは総裁Xに、思わぬ邪魔が入ったと詫びる。総裁Xは、
テスト放射の時に電波が漏れていた、科学忍者隊が嗅ぎつけるかも知れない、
見えない悪魔作戦が失敗してしまう、この作戦は世界征服のジャンピングボード(何言ってんだ？)だと語る。
メカニックタワーのソーラーシフターが姿を現した、宇宙に光線が飛び、それがバンアレン帯に到達し、
跳ね返って集団殺人を起こすと解説するナレーター。ご丁寧なことで。
捕らえた子どもを見て、ゲルサドラは忍者隊の雛が混じっていた、 とんだみにくいアヒルの子と喜ぶ。ゲルサドラは暇つぶし？にソーラーシフターの原理を見せる。 地下からエネルギーを集めて発射し、バンアレン帯に反射させる作戦だなと言う賢い甚平。 ゲルサドラはウルトラエネルギーを作り出す為の実験で、少々の犠牲はやむをえないと語る。 その理由を聞く甚平に、ゲルサドラは教える必要は無いと言う。 すると甚平は本当はお前も知らないんだろと図星を突き、愚かなゲルサドラと追い討ちをかける。 怒るゲルサドラ。甚平は懐からGマークコイン(また出てきた…)を取りだし、 これに総裁Xの陰謀の全てが詰まっていると言う。ゲルサドラはそれを見る為、 牢屋？のバリアを解く。すると甚平はコインをゲルサドラに当て、隙を突いてゲルサドラを人質に取る。 そして全部作り話しさと語る甚平。システムを動かす為のユニット版を奪い、 ３ガキと共に逃げる。逃げる途中２ガキが捕まってしまい、 甚平はルークにユニット版を預け、健達に届けるように言う。ルークは恐がり、 甚平に一緒に来てと言うが、甚平はルークを殴り、甘ったれるんじゃない、二人を見捨てては行けないと叱る。 ルークは思いなおし、ユニット版を持ちソーラーシフターを脱出する。
ルークはニューゴッドフェニックスに無事辿りついた。 パイマーにユニット版を解析させると、真上にはバリアが無いことが分かる。 しかしそれには90度で突っ込まなければならない。やる気の健だが、 中に甚平がいてはそれも出来ないのであった。北極。出発前の下村。記者に何故するのか聞かれ、誰もが出来ないことをまずやってみせる、 自分への挑戦だと答える。そこにバードスタイルの健がやってきた。 健と気付く下村。正体ばれとるやんけ。下村は健に本当の勇気というものを教えてくれたらしい。 健の制止も聞かず、愛犬マック他の犬ぞりに乗って出発する下村であった。
下村の行く手に、ギャラクターのソーラーシフター基地が見えてきた。 アレは何だと驚く下村。ギャラクター隊員が現れ、基地を見たからには生かしちゃおけねえと銃で撃たれる。 次々と倒れる犬達。だがマックはなんとかかわした。下村はやめてくれとマックをかばうが、 銃で撃たれて死んでしまう。下村はマックに逃げるよう言い残して果てた。 マックは銃撃の雨をかいくぐり、逃亡に成功した。行方不明の下村を探しに出発するニューゴッドフェニックス。 北極の上を飛んでいると、マックが歩いているのを発見する。 マックは傷ついていたが、幸い怪我は軽いものであった。 健はマック他の犬ぞりで、下村の後を追うことに決める。健が行った後、 ジョー達も独自に犬ぞりを借り、健の後を追った。
健は途中、吹雪の中で意識を失ってしまう。だが、マックが穴を掘り、 健を中に入れて自分の体温で暖めて救うのだった。気がつき、感謝する健。 吹雪が晴れた向こうには、ギャラクターの基地があった。地底からエネルギーを吸い出す作業が滞り無く進行していると総裁Xに報告するゲルサドラ。 ゲルサドラは総裁に作戦の真意を尋ねるが、総裁は連携させて一気にぶわっとやっつける作戦とか言うだけで真意は話さなかった。 そうこうしていると、ガッチャマンが基地に侵入したと報告が入る。 愚かなアホウドリを叩きのめすのだとゲルサドラ。 ゲルサドラが去った後、総裁Xはゲルサドラはただ命令に従って動けばよい、 力が太陽に達した時念願が達せられるグハハハと独りごちるのであった。
暴れまわる健とマック。だがゲルサドラは、抵抗するとミサイルを発射するぞと脅す。 健は抵抗を止めるが、ミサイルは不調で発射されなかった。ジョー達が機械を壊しておいたのだ。 いつものように暴れまわる五人。ジュンがあと一分で爆発するようにセットしたと言う。脱出する五人。 覚えておれ、この恨みはらさでか〜と去っていくゲルサドラ。脱出した五人。だが戦いに夢中でマックを忘れていたことに気付く。 だがマックも脱出していた。そして氷漬けになった下村の死体にすがっていた。 マックはそりに下村の死体を縛り付け北極点へと行こうとする。 ジュンは死んでしまうと止めるよう言うが、健は止めなかった。 主人を北極点へ連れて行くことがマックに課せられた使命だからだ(ナンノコッチャ)。
オーリ市に調査に向かうニューゴッドフェニックス。
しかし電磁波のせいでニューゴッドフェニックスもいかれ、
ジョーも苦しむ。そしていかれたパイマーがバードミサイルを発射しようとした。
何とかパイマーのスイッチを切る健と竜。ニューゴッドフェニックスを慣性飛行に切りかえる。
ゲルサドラはこの期に乗じてやっつけろとギャラクター隊員を出動させる。
ニューゴッドフェニックスにグライダーの隊員達が迫る(グライダーてあんた…)。
健達は外に出て、隊員を倒す。だがジョーが見当たらない。健はジョーのことだから大丈夫だろうと言うが、
心配なジュンであった。
健達は観測機を飛ばし、おおよそのギャラクター基地の位置を推測する。 しかし基地がありそうな島は沢山あり、調査は難航するのだった。
ボートで単独基地に向かうジョー。電磁波に苦しみながら向かう。 なんとか基地を発見、潜入して大暴れするジョー。 ゲルサドラは最重要区域の隔壁を閉めようとするが、 ジョーは超小型携帯ミサイルを撃ち込む。爆発する基地。 それを見て基地を発見した健達は、ニューゴッドフェニックスで基地に突入し、 そのまま貫通する(乱暴な攻撃やなあ…)。完全に崩壊する基地。逃げるゲルサドラ。