地中から閃光が走る。ゲルサドラは、メーザー光線をマグマエネルギーで増幅した、 マグマメーザー光線が完成したと総裁Xに報告する。総裁は国際科学技術庁にかぎつけられることを心配するが、 すでに、125人の情報部員を始末した、ヒマラヤのK3に近付くことは出来ませんと自身満々のゲルサドラ。
南部博士は、ギャラクターの基地はK3にあるに違いないとすでにつきとめていた。 しかしK3は年中ブリザードが吹き荒れる地である。ニューゴッドフェニックスで近付くことも出来ない。 すでに何人もの情報部員が消されており、基地に潜入するには、最も険しい北壁を登るしかない。 南部博士は、すでにその任務をジョーに任せていた。ジョーは進んで引きうけたと言う。 健達は、ジョーがサイボーグだからそんな危険な任務をさせるのだ、ジョーは俺達の仲間だ、 これから危険な任務は全部ジョーに任せるのかと反発するのだった。コンドルアタッカーで走るジョーの前に、健達が現れた。しかしジョーは、
しつこいぜとつっけんどんな態度を示し、健を殴る。そして行ってしまった。
ジョーの目前で謎の光が発生する。よく見ると、ジュンのオートスワンが見える。
ジュンは、今のがギャラクターの攻撃だったらどうするのとジョーに言う。
さらにK3の地図も頂いたと。ジョーは昔はかわいい女の子だったのによと言って走り去る。
バカバカジョーのバカとジュン。なんだかなぁ。
Gタウンの南部博士。忍者隊は昔のままなんだ…とつぶやいていた。
甚平はブレスレットで連絡を取ろうとするが、磁気の乱れで通じない。 健は、岩を叩いて知らせることを思いつく。ホーンドタンクで出かける竜。海の中を進む途中、ガスの異常噴射を発見する。 M45、W142付近の海底にガスの異常噴射と南部博士に連絡するが、 それは自然現象だから気にしなくていいと言う南部博士。 しかし南部博士は、その裏で健達にそれの調査を命令する。
巨大タンカーのそばを通りすぎる竜。しかしそのタンカーは、ギャラクターのものだった。 ゲルサドラは、もう勘付かれたかと、ノッポと巨漢の平隊員(着てる服の色がめちゃめちゃ…)に追うよう指示する。調査をしている健達。忍者隊で親がいるのは竜だけである。そっとしといてあげましょとジュン。
ガスは、人工的に、ガスチェンバー(地下にある、ガスの溜まっている空洞)と地上(と言っても海底だが)をつなげたものだった。
一説には、ムー大陸が崩れたのも、ガスチェンバーが崩壊したためと言う。
ジョーは、俺がゲルサドラなら、第二第三のムー作戦だと言う。そして健達は、
地底潜航艇で地下に潜っていく。ガスチェンバーには海のようなものがあった。
石油と言う名の海さとジョー。
竜は、調査の内偵をしていたということにする健達。松造達は竜に謝るのであった。
山。小屋の屋根に登っている少年がいる。ピート、そんな所に登って危ないじゃないと声をかける姉。 ピートは伝書鳩を待っていると言う。
ソーラーシフター。イーグルシャープが飛んでいるのを発見し、攻撃する。 ギャラクター基地があるとは思っていなかった健は、攻撃を受けてしまい、 墜落してしまう。墜落を目撃したピートは、現場に向かう。健の行方を心配している(と思われる)Gタウンのみんな。 そこに電話がかかってきた。振り向くジョー。何故か羽根手裏剣をくわえている。 電話は、電波を発信している鳩を捕獲したというものだった。 健からの通信と気付くみんな。世話を焼かせる隊長さんだぜとジョー。
一方、ピート達は、ギャラクターに捕まっていた。 男と男の約束だいと、健のことを喋ろうとしないピート。そんなこと言ったら喋ってるのと一緒じゃ。 二人は木に縛り付けられて銃殺されかかる。 しかし、そこにニューゴッドフェニックスが飛んできた。 望遠カメラで見ると、ピートのそばにGメダルが落ちている。 健に関係があると、助けにいくジョー達(じゃGメダルが落ちてなかったら助けないんかいっ！)。 毎度の如く暴れて隊員を倒し、二人を救出する。 Gメダルを失敬していたことを白状するピート。後で返そうと思ってたと言う。 そして健との合流。その様子を見て、涙する姉。ニューゴッドフェニックスは基地に向かう。
ギャラクターの戦闘機が襲ってくるが、ニューゴッドフェニックスはビクともしない。
バルカン砲で一掃し、ミサイルで基地を破壊する。基地から逃げようとするゲルサドラは、
待って〜と足をつかむ隊員を、銃で撃ち殺してしまう(あ〜あ…)。
別れ際、健はピートに、伝書鳩がいなかったら危なかったと礼を言い、去っていった。
涙する姉(あ〜あ…)。
アンデスで、遺跡発掘隊が次々と行方不明になっている。
情報部員も、全く音沙汰が無い。忍者隊は、メカを使わず、
現地に潜入することになる。情報部員のルパンキと接触せよとのこと。
ジョー、ジュン、甚平はビルカバンバから南下、健と竜はティアワナ湖の太陽の門からだ
(どういう意味があるんだか、さっぱり分からん)。
遺跡を見た健は、遺跡だけが残る、人間なんて何とも儚いものだなと感想を述べる。
情報を得る為、現地の村に潜入した健達。しかし、歓迎の祭(?)で、
出された飲み物を飲んだ人々が、次々倒れて行く。何かが入っているのだ。
しかし時すでに遅く、倒れる健と竜。そこにギャラクター隊員がやってきて、
全員始末しろ、万一生き残っても、何も覚えてはいないとご丁寧に説明してくれる。
健は歩き続け、村に到着した。発見して駆け寄ってきた少女が、ケーナであった。 健は銀貨を渡し、気絶する。
ケーナの家。とうもろこしを一心不乱に食べる健。 健は事のなりゆきを話す。父が死んだことを知り、泣くケーナ、母、祖母。 父はケーナの結婚費用の為出稼ぎに出たらしい。竜を発見するジョー達。並の人間なら死んでいるとジョー。 竜はPSD235という毒物で、記憶を失っているとジュン。何で分かるの？ それを治す薬は手元には無いが、インカサソリ(あのねぇ…)があれば何とかなると言う。 インカサソリを探しに行く甚平。健も探さなくてはならない。 生きていればの話だがな、とジョー。
総裁Xとゲルサドラ。アンデスは重要な一大拠点の一つだと総裁。 ゲルサドラは、誰も彼も廃人同様にしていると言う。基地の地図を持ち出したルパンキは、 と総裁が聞くと、始末したとゲルサドラ。うむ、よくやったと総裁。素直に誉めるとは珍しいな。チチカカ湖へ行く健。追ってくるケーナ。健は、チチカカ湖に自分の記憶の鍵があるかもしれないと言う。
夜。添い寝する二人。そこにサソリがやってきて、健を刺す。驚いて起きあがる健。
ケーナはすぐに血を吸出し、包帯を巻く。
そこにジョーがひゅーんと飛んできた。サソリに刺されたと聞いて、
手間が省けたなとのたまう。それを聞いたケーナは、仲間ならそんなことを言うはずが無いと、
ジョーに石を持って襲いかかる。ジョーは健に変なカプセル状のものを嗅がせて起こす。
記憶を取り戻した健。しかし混乱する。健は、ルパンキのこと、銀貨のことを思い出す。
銀貨を受け取ったジョーは、銀貨の表面に基地の地図が書いてあるシールが張ってあるのを見つける。
何時の間にか復活した竜を加え、基地に潜入する健達。
いつものように暴れまわり、ニューゴッドフェニックスを呼んで、
ミサイルで破壊。愛する者を失った怒りを！ 悲しみを！ 思い知らせてやるぜ！ と健。
ケーナに別れを言う健。俺が忍者隊じゃなかったら…とか言って去っていく。
…何と言うか…いいかげんにしろっ！