その頃、ロード島ではパンサー隊長(声：曽我部和恭)が地震発生装置を動かしていた。 ゲルサドラが、勝手に行動するなと通信してくる(何故か通信画面白黒)。 しかし、パンサーの口車に乗せられて納得し、通信を切るゲルサドラ。 なんと情けない首領だ！ と愚痴をこぼすパンサー。ウォーズマンのベアクローみたいな武器を出し、 ほくそ笑むのだった。
ニュージョーク市。教会に見えるけど台詞では講堂に入るジョー、ジュン、竜。 ジョーは機械音が聞こえると言う。しかし竜には何も聞こえない。 奥に進み、ドアを開けると、そこにはギャラクターマーク入り(自己主張強いね)のミサイルがあった。 巨大ミサイルのサイロがあると通信を送るジュン。と、レッドアラートが鳴り響き、 炎が噴き出し、ミサイルが稼動し始めた。通信も不能だ。 健はアップタウン(いきなりそんな地名を出されても…)へ急ぐぞ！ と甚平と共に講堂に急ぐ。 地下に向かって発射されるミサイル。頑張るんだ、ジュン、竜！ とジョー。 地下で爆発するミサイル。地震が起こり、瓦礫に埋められた健は、肩を負傷する(また左肩)。 講堂は崩れてしまう。南部博士から通信が入り、ISOがロード島から発信されている怪電波をキャッチした、 そこにギャラクターの基地があると言う。しかし、講堂地下に埋められたジョー達を心配して躊躇する健。 ジョーは、俺達なら心配いらないと通信を送ってくる。 南部博士は、今ギャラクターを叩かないと、アッという間に世界征服されると言う。 分かりました博士と健。健は、破片を瓦礫に投げつけてジョー達を助けてやれない怒りをぶつけるのだった。ISO本部に、降伏勧告をするゲルサドラ。忍者隊は何をしているんだとISO議員？達。 南部博士は、もう少し待って下さいと言うのだった。
メカサターン発進。おねぇちゃんの仇(死んでないっつうの)だ！ とバードミサイルを発射する甚平。 しかし、メカサターンから出る怪電波により、ミサイルは全て撃ち落される。 そしてサターンとぶつかるニューゴッドフェニックス。 失速、墜落する。なんとか機首を引き上げる健。肩を痛める。健はあることに気付き、 甚平に、サターンの下部にミサイルを集中させるように言う。 その通りにやると、ミサイルはサターンに命中した。怪電波は下には届かないのだ。 向きを変えるように言うパンサー。ニューゴッドフェニックスはまたサターンとぶつかるが、 今度は突き刺さった。中に潜入する二人。 鳥のシルエットが飛び去り、二人が登場、いつものようにギャラ隊員を倒す。 地震発生装置に気付いた健は、自分が隊員を相手にするから甚平に破壊するように言う。 ソニックガンに小型ミサイルを取りつけ、撃とうとする甚平。 だが、パンサーの凶弾に甚平は倒れる。 対峙する健とパンサー。お前を倒せるのはこの俺だけさククククク、 強いやつと戦えるのは嬉しいことさとパンサー。 健は、好きで戦ってるんじゃないと言い返す。 沈黙。天井で光がきらめいた。二人は戦いを始める。斧で襲ってくるパンサー。 避ける健。パンサーはベアクローを出してきた。健は肩を痛めながらもそれも避け、 パンサーを地震発生装置に投げ込む。爆発。逃げる健と甚平。 サターンはソーラーシフターに落ち、爆発炎上。その誘爆のしやすさは何とかした方がいいと思うぞ。怒る総裁X。お前は何も分かっておらん、フッもっとも、その方が都合が良いのだがなと総裁。
ジョー達はレスキュー部隊に救助された。しかし五人全員が怪我を負った。
ISO会議で忍者隊は遊んでいたわけではないんだなとか言う議員達に対し、
南部博士は去り際、我々が会議している間、忍者隊は傷を負いながらも戦っていたのですと言うのだった。
アマゾンを調査する忍者隊。甚平のスワローヘリコが、川から出た謎の触手により墜落する。 ヘリコから飛び出る(投げ出されたのか脱出したのか分からん)甚平は川に落ち、 ピラニアに襲われる。ブレスレットも落ち、絶体絶命の甚平。それを発見した四人の子どもが、 甚平に蔦を渡して助ける。忍者隊のつばくろの甚平様さと自己紹介するが、 ズボンが落ちていたので笑われる(ていうか、テメー…正体隠せ)。 と、大人達が、村に子ども達を連れ戻しにやってきた。森には怪物が出るから、 危ないと言う。ここには青いランを好きな女の子に渡すという風習があるが、 森でないと手に入らない。四人の一人、ランちゃんを意識する甚平は、 自分が怪物をやっつけると言う。 と、スワローヘリコを引っ張って健達がやってきた。 甚平のおしりをひっぱたくジュン。子ども達が見てるからと止めさせる健だったが、 ブレスレットもヘリコも置きっぱなしで駄目じゃないかと釘を刺す健だった。
健達は調査に向かい、甚平は南部博士との連絡役に村に残ることになる。 文句を言う甚平。健の指令は絶対だぜと言うジョー。あんたが一番逆らってるんですけど。甚平を残し、四人は出かけたが、甚平は少年らに、青いランを取りに行こうと誘われ、
一緒に行ってしまう。
健達に、枯葉に見せかけた矢が襲いかかる。バードゴー！ と変身する健達。
襲いかかってくる草木。人間の体温に反応しているようだ。
健は、反応するのに２秒かかると断定し、それよりも早く、風のように走れと言う。
さっきめちゃめちゃになったはずのニューゴッドフェニックスを背景に佇み、色々と考える忍者隊であった。
公園を歩くジョー。少年がサッカーボールで遊んでいる。 少年の父親がリックーと呼ぶ。と、車が猛スピードで突っ込んできた。 その前方にはリック少年がいる。ジョーは加速装置を働かせ (もちろんそんな装置はついていないが、絵的にそんな感じ)、 リックを救う。父親はリックを抱きかかえ…礼を言うのかと思ったら言わない。おぃ。 ジョーをおじさん呼ばわりするリック少年。おじさんはひどいぜとジョー。 お兄さんが教えてやろうかとサッカーをリック少年に教える。 その姿を絵に書く父親。完成したら届けると言う。 スナックジュンにいるとジョー。 しかし、その姿をさっきの車の連中が見ていた。 やっと見つけたぜ、カイザーと言う。
カイザーが仕事？を負えて帰宅しようとすると、その連中が現れた。 随分探しぜ、カイザー、いやA7号と。彼こそ生き残りの隊員だったのだ！ ってそんなことは分かりきってるけどね。メカボルトンを見て、中々の上物だとゲルサドラ。 A7号が三日後に到着と聞き、カッツェに感謝せねばなるまいなと馬鹿笑い。
カイザーは妻には出張だと言い、絵をジョーに渡すよう言う。 だがリックの方の絵はまだ途中なので、帰ってからだ。スナックジュンに絵を渡しに来たナンシーとリック。 嬉しそうなジョーの顔を見て、あんな顔見るの本当に久しぶりとジュン。 ナンシーは、カイザーは何かをやりかけにしておくのは珍しいと語る。
ゲルサドラと会うカイザー。協力する代わり、これっきりと言う事でとカイザー。 ゲルサドラは、ギャラクターが勝てば足を洗う気など無くなるのではないかなと言う。 そして鉄獣アイアンバットが発進。IIにはこういうハッキリした敵メカが少ないんだよなぁ… 怪エネルギー弾を口から連続発射し、街を破壊するアイアンバット。スナックジュンに南部博士からの通信が入る。 即座にスナックのシャッターを降ろすジュン。おぉ。こういうさりげない描写が個人的なツボ。 南部博士は、ベネズラ国に鉄獣が出現した、 ポイント3Q4にあるニューゴッドフェニックスに急行せよと言う。
現地に駈けつけると、アイアンバットは逃げ出した。 山地に来た所で、フリーザーガスで攻撃する。凍っていくニューゴッドフェニックス。 そしてメカボルトンが砲撃準備を始める。 健は火の鳥の使用を決意する。ジュンは温度差でどうなるか分からないと反対するが、 健はこのままでもどうせやられてしまうと、使用を決意する。 ミサイルも何も使用できんくせに、火の鳥回路は動くんやね。 火の鳥と化したニューゴッドフェニックスは、アイアンバットを破壊する。 だがメカボルトンが、カイザーの手によって発射される。 ニューゴッドフェニックスは青白く包まれ、失速する。 今なら脱出装置が効く筈だと健。墜落。爆発。カイザーは用は済んだと帰ろうとするが、 ゲルサドラは今更抜けられると思ったかと言う。怒りに震えるカイザー。 ゲルサドラの馬鹿笑いに、誰かの笑い声がかぶさる。健だ。 そしていつも通り暴れる健。ゲルサドラとカイザーは逃げるが、 ジョーが行く手を阻む。リックをネタにカイザーを脅し、逃げるゲルサドラ。 対峙する二人。取っ組み合いになった時、カイザーの被っていたヘルメットが脱げる。 驚くジョー。ジョーは自分がジョーだと明かす(おぃおぃ…)。 しかし、カイザーはそれでもジョーを撃とうとする。 しかし健のバードソーサーによって阻まれてしまう。 断念(?)したカイザーはジョーに早く逃げろと、 そばのレバーを引いて基地の自爆スイッチを入れる (そ…そんなちゃちなレバーで…)。 しかし、ジョーはカイザーの腹を殴って気絶させ、かついで逃げ出すのだった。
ヒーローもののお約束の崖。なぜ自分を助けたとカイザーが聞くと、 ジョーは俺も元ギャラクターの子だからさ…と言って去っていった。調査の途中、健達は、マーク公園と名付けられた公園と、 そこに立つ天使を抱えた女性像。 母はマークのことを思ってこれを作ったのだ。 だがマークはそれでも心を閉ざしたままだ。 暴れまわるメガトンを発見する一行。 地底にはこんな生物がいたのかと驚く。
南部博士に連絡を入れてニューゴッドフェニックスを呼んだ後、 生き残っている人はいないかとシェルターに行くと、 そこには傷ついた人々がいた。 ガッチャマンだと健に子ども達が集まる。 健は素顔状態なのに…正体ばれとるやんけ。一方、メガトンはマーク公園に侵入、像が破壊される。 それを見たマークは激怒し、探査機で出ていってしまう。 後を追う健。 やってきたニューゴッドフェニックスだが、 マークがいる為ミサイルを撃てない。 マークはウルトラニトロ砲を撃とうとするが、 メガトンに蹴飛ばされる。マークは気を失ってしまう。 しかし外からの健の声に目覚めるマーク。 健は怪獣を撃てと言う。マークは力を振り絞り、 ウルトラニトロ砲の引きがねを引く。 それがメガトンに命中し、苦しむメガトン。 そこにバードミサイルの集中砲火で、メガトンは木っ端微塵に吹っ飛んだ。
マークは母の後を継いで地下都市建設をすることを誓うのだった。