一体君は何をしていたんだねと甚平を叱る南部博士。 もう少し早く研究所に辿りついていれば、少なくとも原因は分かっただろうと。 ジュンはあたし達の間では何も隠し事は無いはずよと甚平に言う。 と、甚平が体を覆っているマントから子ピューマが顔を出した。驚く皆。 ジョーはそんなのと遊んでいたのかと怒る。
子ピューマにミルクをあげる甚平。甚平はジュンに、みなし子のこいつを見捨てられなかったと語る。 だがジュンは捨てなさいと言う。甚平はオイラにはお姉ちゃんがいてくれたと言い、 自分が子ピューマの母代わりをすると言う。その話を聞いたジョーは、甘い、甘いぜ！ と怒る。 前作で親を失った子犬を助けようとして危うく死にかけた人は誰ですか？ まぁその経験を踏まえて言ってるのかも知らんが… 健もジョーに同意し、時には心を鬼にしなければならないと言う。
南部博士が指令を下した。研究所の崩壊により猛毒のサリンガス(ヤバイぞ…)が発生し、 オキシド型の中和剤の製造は間に合わない。 先んじて忍者隊が研究所に向かうことになるが、こんな任務は俺一人で十分とジョーが申し出るが、 なぜか竜もついていくことになる。飛行機から投下されるコンドルアタッカーとホーンドタンク。 グライダーを出して着陸する(って一応飛べるはずなのに…)。 そして研究所に入る二人。だが地震が発生し、二人の運命やいかに…
二人が研究所に閉じ込められたと聞く健達。だが健は、 中和剤が完成するまでは出動するわけにはいかないと心を鬼にする。 すると甚平は、子ピューマを返しに行くだけだよと言って研究所に向かう。途中、子ピューマを野に放つ。子ピューマは甚平にすりつくが、
甚平はソニックガンを威嚇射撃する。逃げて行く子ピューマ。
研究所を守備するギャラクター隊員を叩きのめす甚平。だが追い詰められ、
甚平はそばにあったホーンドタンクに乗り込み、研究所に突入し、
充満するサリンに苦しみながらも倒れていた二人を助け出す。
研究所のタンクが倒れ、大量のサリンが地上に撒き散らされ、
ギャラクター隊員は苦しみながら死んでいく(ヤバイ、ヤバすぎる描写…)。
そこにニューゴッドフェニックスがやってきて、中和剤を大量投下する。
おのーれおのれで去っていくゲルサドラ。
ホーンドタンクのＧの字のハッチから出てきた甚平は、ジュンをお姉ちゃんでなくジュンと呼んだ。
それは甚平が成長した印なのである(どーせ次回には元の甚平に戻っているやろと、断言)。
最後は崖(崖が好きな連中やなー)で仁王立ちの甚平で終わり。
ゲルサドラの調査をしているパンドラ(顔が怖い…)。
ゲルサドラの秘密を掴めば総裁Xをも倒せると言う(前作を考えるとんなわけねーと思う)。
南部博士は、ドラゴン島で諜報部員Y4号が消されたことを聞き、
忍者隊をドラゴン島調査に向かわせる。
ギャラクター調査の為、誰かをドラゴン島に潜入させることになる。 ご多分にもれず、俺がうってつけだぜと立候補するジョー。 途中までパンドラがついていくこととなる。
基地に潜入したジョーをマイナス60度の冷凍光線が襲いかかる。諜報員達はこれにやられたのだ。 ジョーはサイボーグなので何とか助かった。奥深くに忍びこむと、 そこにはソーラーシフターの小型・海底版みたいなものがあった。 ゲルサドラは双頭竜に乗って出発するようだ。ジョーはニューゴッドフェニックスで迎え撃つよう通信する。 一方、パンドラは独自に基地に忍び込んでいた。だが隊員に捕まってしまう。 そして双頭竜に連れて行かれゲルサドラと対面。二人は御互い不思議な感情を味わうのだった。 そこにジョーが現れて隊員を倒す。基地はジョーにより破壊されていた。 とっとと逃げ出すゲルサドラ。双頭竜内は磁力に満ちている為、 パンドラはジョーの体を心配する。ジョーは苦しみながらも磁力発生装置のある所に行く。 銃を渡され、装置を破壊するパンドラ。そして脱出。 双頭竜はニューゴッドフェニックスにより破壊される。ゲルサドラは強力な核の研究を進めていたが、
総裁Xはソーラーシフター計画にはかえって邪魔だと怒り、潜入した忍者隊の抹殺を指令する。
一方ジョーは、ギャラクターの一団を目撃し、やはり事件がギャラクターの仕業と知る。
だがジョーは爆発の余波で、エネルギー漏れを起こしていた。
よろよろと街を歩いていると、ギャラクター隊員が何かを探して走っている。
ジョーは近くの酒場に隠れる。酒場では女性(チニータ)がタンゴか何か(よく分かりましぇん)を踊っていた。
酒場にも隊員の捜索の手が伸びる。隠れるジョー。
チニータが自分の部屋に戻ると、クローゼットの奥でジョーがうずくまっていた(何でそんな所に？)。
驚くチニータ。と、部屋にチニータの恋人？のホセがやってきて、
コンドルのジョーを捕まえればギャラクターから賞金が貰えると持ちかける。
チニータは一人になりたいと言ってホセを追い出す。
一緒にいると迷惑がかかると、チニータと別れるジョー。 ジョーはバードスタイルに変身し、コンドルアタッカーに乗りこむ。 だが、チニータは密告したホセによりギャラクターに捕まっていた。 後を追い、時代錯誤な中世風城の基地に潜入するジョー。健達に基地の位置を通信しておく。
チニータを救おうと基地を進むジョーだが、チニータを人質に取られた上、 隊員達の銃に囲まれる。だがその時、健達が到着、形勢は逆転する。 だが逃げ出したゲルサドラは基地の自爆スイッチを入れ、チニータは炎に包まれてしまう。 絶叫するジョー。終。Gタウンでジョーの行方を心配する健達。そこにドクターラッフェルから通信が入り (いつ知り合った？)、ジョーは総裁Xを倒しに行ったことを話す。
コンドルアタッカーの車輪の後を追い、ジョーを探す健達。 だがジュンもまた流砂に巻き込まれ、それを助けようとした甚平も流砂に呑み込まれる。最後はまたもや崖。いいかげんにしてくれ。 健は勝手な行動ばかりするジョーを殴り、忍者隊のチームワークの重要性を説く。 だがジョーは総裁Xを倒すのはこの俺と心の中で息巻くのであった。