基地の修復には一週間かかると総裁Xに言うマーストラ。 するとゲルサドラは三日でやれと言う。マーストラは馬鹿言うなとまともに受け取らないが、 総裁は激怒し、三日でやるよう告げる。しょぼくれて了解するマーストラ。 なんか一気にしょぼいキャラになったな…
オービタG号からの通信電波が切れた。南部博士は、 このままでは君も戻れなくなるとジョーに帰還するように言う。 だがジョーは、俺なんかどうなっても構わない、みんなの悲しむ顔なんか見たくねぇと探索を続ける。 ジョーは赤外線暗視装置を組みたて、それで健を探そうとする。 いくらサイボーグとは言え、体がメチャメチャになると止めるように言う南部博士。 だがジョーはそれでオービタG号を発見した。だが直後、目が変色する。 それでもジョーはなんとか健の所に辿りつき、助け出す。 健に目のことを言われ、俺の目は取換えが効くだろうぜと軽く流すジョー。 おまえってやつぁ…と健。一方地球では、ついにソーラシフトのビームが発射されてしまう。 それを知ってよろける南部博士。 地球のソーラーシフターのメインビーム砲発射基地はバラジリアのダムの湖底にあった。 偶然(おい…)ビーム砲を食らったニューゴッドフェニックス(ジュン、甚平、竜)は、 バードミサイルで攻撃するが、湖は水圧が高く基地までミサイルが到達せず、 ダムも特殊金属で出来ていてビクともしない。 世界は異常気象に覆われ、多大な被害が出ている。 この惨状にゲルサドラは喜ぶが、このままでは地球が滅んでしまうことに気付きかけ、 総裁に真意を聞くが、総裁は心配するなと言う。
健はロケットをミサイル代わりに基地を破壊することに決める。 だがロケットには一人用しか脱出ポッドが無い。健は目の見えないジョーをポッドに乗せ、 垂直に落ちれば抵抗が少ないと、ロケットを90度に傾け、 寸前にポッドを射出、自らもバードスタイルで外に飛び出る。 ロケットは基地に命中、爆発。ポッドと健は無事湖面に着水し、 事無きを得る。ニューゴッドフェニックスが二人を助けにやってくる。 だが、太陽はすでにソーラーシフターの影響を受けていた。 今後どうなるか分からない、頼むぞ忍者隊と南部博士。現場を見に来た健は、祖父がここで怪我をしたという、サムという青年(声：故・塩沢兼人) と出会う。よく話を聞くと、彼はアンダーソン長官の孫だった。
総裁Xは、ゲルサドラに普段のガッチャマンを襲うように命令する。 同じ作戦は二度とやらないんじゃないのか？ギャラクターにより、次々と国際科学技術庁に勤める青年が襲われる。 それに責任を感じる健。そんな健をジョーは殴りつけ、平和を守る為には時には情けを捨てることだってあると言う。
サムは南部博士に会っていた。警護を強めるべきだったと謝る南部。 サムは、自分でギャラクターに仇を討つ意思を固める。君にもしものことがあったら、 アンダーソン長官に顔向け出来ないと止める南部。サムは小型飛行機で飛行中、ギャラクターの戦闘機に襲われる。
なんとか避けるが、それによって益々ガッチャマンだという疑いを深められる。
そして、ついには攻撃を食らって墜落してしまう。
捕まったサム。尋問の為ゲルサドラに連れ出されようとした時、
隙を突いて銃を奪い、ゲルサドラに突きつける。だがゲルサドラはボタンを押し、
サムを落とし穴に落とす。なんでそんな都合のいい場所に落とし穴が…
サムは体に電流を流されて拷問されていた。 と、ゲルサドラがもう一匹ネズミが忍び込んだようだと、そばの隊員の覆面を取る。それは健だった。 健は自分がガッチャマンだと名乗り、バードスタイルに変身する。 ゲルサドラは某ター某ォーズのようなビームセイバー(？)を出して対抗するが、 いかんせん弱いのですぐ弾かれてしまう。飛んだビームセイバーがサムを縛っていた鎖を切る。 サムは鎖を手に、よーし、暴れてやるぜ！ と言う。 二人の活躍により次々と隊員は倒され、ゲルサドラは逃げて鉄獣センザンコウを発進させる。 ここはメカの中だったのだ。 健達はミサイル貯蔵庫のような所に入り、そこのハッチをぶち破って外に脱出、 ニューゴッドフェニックスに拾われる。 自分のせいで正体がばれてしまったと謝るサム。気にするな、 ガッチャマンはいつでも正面から戦うと言う健。そして健はイーグルシャープに乗り、 ぶち破ったハッチの部分にマグナム弾を打ち込む。ミサイルが誘爆し、 鉄獣は木っ端微塵。弱！ サムはガッチャマンには負けない、 俺は俺なりに地球のために戦うこぞと誓う。その意気だぜとジョー。終わり。
しかし、ゲルサドラは南部博士らを抹殺する為、 Gタウンを海溝に追い込み、鉄獣メカシーファンを使い氷山で蓋をする計画を立てていた。 Gタウンにギャラゴン隊が潜入、中枢コントロールを破壊してしまう。 ギャラゴンは忍者隊により倒されるが、Gタウンはコントロール不能になって海溝に沈み、通信装置も、 ドアの開閉装置すら故障してしまった(じゃどーやって忍者隊はギャラゴンの所まで行ったのだ)。 健は忍者隊と同じ通信装置を持っているパンドラ博士に通信を送り、 南部博士の別荘の地下に置いてあるゴッドフェニックスを持ち出すよう頼む。 そして、ゴッドフェニックス登場！ 音楽まで初代のものだ！ そして健は、火の鳥を使うよう指示する。皆は訓練していないパンドラでは耐えられないと反対するが、 健はこれしか方法が無いという。パンドラも了解し、ゴッドフェニックスは火の鳥となる。 耐えるパンドラ。火の鳥は海溝に蓋をしている氷山を貫く。 驚いたゲルサドラはミサイルでゴッドフェニックスに攻撃をかける。 だが、やっと扉をこじ開け、ニューゴッドフェニックスで駆けつけた忍者隊の火の鳥により、 シーファンは破壊される。海を漂い、助けてくれ、私は泳げんのだ〜とわめくゲルサドラ。 パンドラはそのまま、氷山の動きの監視に出かけるのであった。