う～ん、現在の水の状態がわからないのでなんとも言えませんが、
水質がもしかしたらあぶないかも、と思うようであれば
金魚は出しちゃって水槽内は水作りに専念した方が早くて安全かもしれません。
出しちゃってって言っても、そうですね～結構金魚大きいですし、
できれば２０㍑近い容器（バケツでも良いです）で薄めの塩水浴とか
しておいて、水替え頻度は隔日くらいで全換えくらいな感じにして、
なんとか水ができるまで持ちこたえてもらう、というのはどうでしょう。
もちろんエサ抜きです
私は上記サイトで紹介されている純アンモニア水を使った水作りを
試したことがありますが、簡単だし早いですよ（現在の水の状態にもよります）
様子を見ながらアンモニア水を滴下していればいいのでラクです
と言っても亜硝酸（ＮＯ2）のテスターがないと完成したかどうかが
目で見ては確認できません。できれば硝酸塩（ＮＯ3）のもあると良いです
金魚の方は、フンが出ているなら（今、エサってあげてますか？止めて下さいね）
スポイドなどでなるべくこまめに取り除いて、様子を見ながら水替えします。
水温はピッタリにあわせないと負担がかかります
私はペットボトルに水替え用の水を入れて金魚の入ったバケツに突っ込みます。
２，３０分で温度はピッタリ合いますのでそれを注ぎます。
それの繰り返しです。注ぐときはザルを水面にかざして、その上から
注ぐとあまり水面が揺れません。
石などが茶色い…というのは茶ゴケですかねえ？？
と聞かれてもわかんないですよね。。
まあ長期薬浴していたので水槽内の菌はだいたいおさまったと考えて、
水が完成するまでは水槽の水替えはしないで、完成してから
金魚を投入する前に大量に水替えするようにした方が水の完成が早いかな
と思います
金魚を別容器に移す際の手順なども紹介したサイトに
書かれていますのでよかったら参考にしてください。
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